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[GROMACS] 关于用oplsaa力场模拟高浓度电解液结块问题

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我想用oplsaa力场模拟2M电解液,发现有结块现象,请问除了降低浓度还有什么好的解决办法吗?
电解液包含:
2M的硫酸根,2M的VO2,以及H3O+(用来中和电荷,也试过Na+来中和电荷,都出现了一样的结块问题)

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发表于 Post on 2023-9-28 05:56:43 | 只看该作者 Only view this author
用其它力场
LJ参数不理想的情况再高浓度下就是容易出现结块现象,诸如AMBER力场模拟高浓度的NaCl水溶液也有这种问题
另外,OPLS-AA根本没法描述VO2,根本不支持V。要交代清楚所有细节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-9-28 19:19:17 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-28 05:56
用其它力场
LJ参数不理想的情况再高浓度下就是容易出现结块现象,诸如AMBER力场模拟高浓度的NaCl水溶液也 ...

请问这个高浓度大约是什么范围呢

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发表于 Post on 2023-9-28 22:31:37 | 只看该作者 Only view this author
为啥要用OPLS-AA呢。
电解质溶液是个专门的领域,离子有专门的LJ参数,需要较为全面地文献调研。
离子对于溶液结构的影响很大,要精细了做,0.1 M、1 M、5 M适用的LJ参数都不一样。
如果体系是个多元电解质溶液,那么还要看这套离子的参数是不是原生适配,试试看能不能混合。
比如对1.0-4.0 M的Li-Na-Cl专门做的一套参数,移植到5.0 M的Li-K-B-Cl可能就不见得好用。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

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发表于 Post on 2023-9-29 05:47:05 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2023-9-28 19:19
请问这个高浓度大约是什么范围呢

2M已经算较高浓度了
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发表于 Post on 2025-3-1 14:46:43 | 只看该作者 Only view this author
看来就是力场不太合适,我用GAFF模拟2M 硫酸根溶液也结块

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