GROMACS可否处理约7000个原子的体系

Cadmus · 发表于 Post on 2023-10-11 16:11:31

老师们好，我需要模拟的分子是包含199个残基(residue)的DNA分子，其中部分是双链，部分是单链，一共约7000个原子，力场为parmbsc1 (Nature Methods, 2015)。
使用GROMACS软件，显式溶剂，水盒子距离分子边缘为1.5nm。最终有6544861个水残基，64317个离子残基。
模拟在NPT系综下进行，共200ns，步长1fs，constraints=none
服务器有A800的显卡，命令如下：
gmx mdrun -ntmpi 1 -ntomp 20 -nb gpu -pme gpu -bonded gpu -gputasks 00 -v -deffnm test_117_duplex_production
根据GROMACS的预估模拟完成需要将近3年。
请问各位老师，使用GROMACS，并使用显式溶剂，处理7000个原子的体系是否可行？这样的体系已经必须要用隐式溶剂吗？模拟时间过久是水盒子设置过大的问题吗？
谢谢老师！
下图是输入GROMACS的初始结构。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-11 16:20:36

始终拿体系总原子数说事。你当前的问题和7000个原子根本没直接联系

非要用这种溶质的模型的话，根本不适合显式水。可以用AMBER开GB模型跑

Cadmus · 发表于 Post on 2023-10-11 16:59:43

sobereva 发表于 2023-10-11 16:20
始终拿体系总原子数说事。你当前的问题和7000个原子根本没直接联系

非要用这种溶质的模型的话，根本不适 ...

抱歉老师，我的表达有点问题。主要的意思就是7000个原子的初始结构在gromacs使用显式溶剂的话会使得整个体系达到近100万个原子的数量级，致使目前基本算不动，想问问这种情况是水盒子设置太大了，还是只能使用隐式溶剂。您已经回答了我的问题了，谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-11 18:05:15

Cadmus 发表于 2023-10-11 16:59
抱歉老师，我的表达有点问题。主要的意思就是7000个原子的初始结构在gromacs使用显式溶剂的话会使得整个 ...

如果你确定是100万原子（而不是一开始说的什么6544861个水残基），GROMACS用高端GPU加速跑，耗时还算勉强能承受得起
如果能跑得动尽量不用隐式溶剂模型，动力学行为的合理性整体不如显式水，容易被comment

Cadmus · 发表于 Post on 2023-10-11 19:53:51

sobereva 发表于 2023-10-11 18:05
如果你确定是100万原子（而不是一开始说的什么6544861个水残基），GROMACS用高端GPU加速跑，耗时还算勉强 ...

好的，那我再试试看看能不能跑得动，谢谢老师！

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