高斯模拟物质太赫兹波段的吸收度

zql2023

sobereva 发表于 2023-12-29 04:12
这种规模的这类体系通常需要做基于分子力场的分子动力学模拟来得到红外光谱。CP2K、gromacs都可以做这样 ...

感谢老师您的帮助，还想向您详细询问一下关于培训班选择和弱相互作用分析的问题：
1.这两个软件只需要学习一个吗？我现在没有入门，查看完两个培训班的教学内容后，我的理解是：Gromacs培训班可以带我入门并掌握分子动力学；学习CP2K需要和初级培训班一起上；Gromacs只能计算分子动力学，但是CP2K可以兼顾量子化学和分子动力学，我如果参加完Gromacs的培训可以跳过初级班直接参加CP2K的培训吗？
2.因为之前看文献说太赫兹和分子间弱相互作用有关，但是对于这方面的分析不太了解。看到一篇文章是关于氨基水杨酸弱相互作用分析的内容：首先是用 IRI 定性分析分子间弱相互作用，使用Multiwfn进行可视化分析出认为主导为范德华力；然后使用EDA-FF定量分析出主要是静电力和色散力占主导，这里使用的是VMD。我不太清楚这个过程是只需要是只需要这两个软件还是需要其他软件得出计算结果导入这两个软件进行分析。

sobereva

1 至少把gromacs培训班学了。但基于动力学轨迹获得红外光谱仅在CP2K讲第一性原理动力学部分才会涉及。所以最好都参加
CP2K主要做的是第一性原理计算，虽然也可以研究量子化学主要研究的孤立体系，但远不如Gaussian等专门的量子化学程序好用

2 做IRI等波函数分析，以及EDA-FF等分析，都离不开量子化学计算基础知识，没有北京科音初级量子化学培训班程度的知识没法做（即便Multiwfn程序已经做得非常易用了）。另外，即便是纯粹做分子动力学模拟，不懂点基本的量化计算也会遇到很大障碍，诸如做势能面扫描拟合力场参数需要量化计算、计算动力学模拟用的原子电荷经常需要量化计算（一些常用的原子电荷还需再结合Multiwfn算），等等。另外，大量关键性计算化学背景知识都在初级量化班开始从头讲，CP2K培训假定学员已有了初级量化班程度的量子化学背景知识。

从依赖性关系上讲，初级量化班->GROMACS与分子动力学班->CP2K与第一性原理计算班（的第一性原理动力学部分），这个学习顺序是最顺利的

zql2023

sobereva 发表于 2023-12-30 08:57
1 至少把gromacs培训班学了。但基于动力学轨迹获得红外光谱仅在CP2K讲第一性原理动力学部分才会涉及。所以 ...

十分感谢老师您的帮助！

电气人小新

你好，我和你要做的工作十分类似可以加个好友一起研究学习吗

alai

电气人小新 发表于 2024-1-7 01:33
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好的，