关于比较两条轨迹的PCA

meatball1982

大家好。
      我有同一个蛋白质（100个原子）通过两种不同方式生成的两条轨迹。
      我通过amber分别实现了PCA分析。得到了这个蛋白质在两个轨迹中主要的运动。
存储在evecs1.dat和evecs2.dat当中。
      每个evecs.dat中，
      分别是100*3个平均构象坐标。
      特征值eign_val1，
      100*3第一主成分的特征向量eign_vec1。
      特征值eign_val2，
      100*3第二主成分的特征向量eign_vec2。
      特征值eign_val3，
      100*3第三主成分的特征向量eign_vec3。

      我现在希望比较两个PCA主成分之间的关系。（轨迹投影到同一个PCA中的点已经画出，完成了比较），我希望通过数值的方式体现两个轨迹的运动方式基本一致。
      如果两个PCA的“相关性”是接近1.就说明两条轨迹的运行方式差不多。
      “相关性”这里，我有一点疑惑。
      我觉得应该是作两条轨迹[eign_vec1,eign_vec2,eign_vec3]之间的内积。说明两个特征向量之间的关系，进而说明两个轨迹运动模式之间的关系。
      不知道对不对。
      或是，有没有其它的方式，来实现我的这种比较。

      谢谢大家。

Frozen-Penguin

你的想法基本上就是root mean square inner product (RMSIP) ，这个方式可以用来判断主成分分析的结果的相似性。
https://bmcbioinformatics.biomed ... 6/s12859-014-0399-6这篇文章中提到了RMSIP的定义。

meatball1982

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-13 21:42
你的想法基本上就是root mean square inner product (RMSIP) ，这个方式可以用来判断主成分分析的结果的相 ...

非常感谢您的回复。这应该就是我想要的。
我仔细学习一下。