gromacs能量最小化时遇到cut-off过长怎么办（设置的cutoff小于盒子一半）

lzj-ustb · 发表于 Post on 2023-10-17 17:01:48

本帖最后由 lzj-ustb 于 2023-10-17 17:04 编辑

pbc = xyz
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres

上面是mdp文件的设置

ERROR 1 [file mix.top, line 11]:
  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or
  longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or
  decrease rlist.

这是出现的错误，但是实际盒子是3.5nm. 之后尝试改变rcoulom=0.9和0.5，还有改变盒子尺寸为5nm，仍然出现上述错误。请问是怎么回事，怎么解决？
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-18 03:33:22

估计是你没搞清楚你的结构文件里记录的盒子信息是多少
gro文件看末尾，pdb文件看CRYST1字段

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[GROMACS] gromacs能量最小化时遇到cut-off过长怎么办（设置的cutoff小于盒子一半）