关于用genmer做二聚体构象搜优化问题

liuaohua · 发表于 Post on 2023-10-21 11:08:33

本帖最后由 liuaohua 于 2023-10-21 11:08 编辑

最近在用genmer做两个小分子的二聚体构象搜索，学习了sob老师博文里的具体流程，想咨询一下：
1.在创建xyz文件前需要对两个小分子构象初步优化吗，我是在chemdraw里画好二维结构，再在chem3D里优化好三维构象（能量最小化）后导入VMD再生成xyz结构的，不知道这样是否合理？
2.我看老师博文里提到gentor可以用来优化单分子的构象，可以通过gentor分别对两个分子进行构象优化,再用genmer进行二聚体构象优化吗，如果需要初步优化有什么软件推荐吗？

18392667184 · 发表于 Post on 2023-10-21 11:18:02

单分子xtb优化，你这体系应该会特别快。然后让genmer产生二聚体构型，完了xtb优化二聚体。

liuaohua · 发表于 Post on 2023-10-21 11:22:10

18392667184 发表于 2023-10-21 11:18
单分子xtb优化，你这体系应该会特别快。然后让genmer产生二聚体构型，完了xtb优化二聚体。

好哒谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-22 02:41:07

只要单分子初始结构不离谱，就没必要结构优化。本来分子间相互作用就会明显影响分子构象，对单分子优化了也是白优化。有优化单分子意义的情况仅是初始结构太烂，诸如都有离谱的键长键角。

另外，优化构象和构象搜索是两码事。gentor的目的是构象搜索。如果仅仅是基于一个初猜结构优化构象的坐标，不牵扯gentor，直接自行用Gaussian、xtb之类程序优化就完了。

liuaohua · 发表于 Post on 2023-10-22 17:36:02

sobereva 发表于 2023-10-22 02:41
只要单分子初始结构不离谱，就没必要结构优化。本来分子间相互作用就会明显影响分子构象，对单分子优化了也 ...

好的，谢谢sob老师的解答，豁然开朗！

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