求问amber的gbsa数据在哪里查，就是Generalized Born的数据

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-9-13 16:30:35

谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-13 20:18:07

amber手册igb关键词部分里能看到给出GB参数的文献，在里面找。在源代码里也有GB参数

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-9-14 10:37:15

sobereva 发表于 2016-9-13 20:18
amber手册igb关键词部分里能看到给出GB参数的文献，在里面找。在源代码里也有GB参数

好的，谢谢sob老师。我找找看

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-9-18 21:03:18

sobereva 发表于 2016-9-13 20:18
amber手册igb关键词部分里能看到给出GB参数的文献，在里面找。在源代码里也有GB参数

sob老师我查到了参数，但是gromacs的描述是
[ implicit_genborn_params ]
; atype sar st pi gbr hct
C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C
而amber的是α，β，γ和 scaling parameter。该如何对应？

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[Amber] 求问amber的gbsa数据在哪里查，就是Generalized Born的数据