计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11072|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] Gn等组合方法能直接用于跑irc吗?

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问Gn和CBS系列等组合方法能直接用于跑irc吗?
跑irc时irc的选项MW和Cartesian对输出的一阶梯度和二阶梯度输出的数值有影响吗?
两个选项影响的只是效率?
看手册中写的是
Mass-weighted 跟踪质量加权笛卡尔坐标的反应路径
Cartesian 跟踪笛卡尔坐标反应路径,不使用质量加权

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2016-9-15 10:28:06 | 只看该作者 Only view this author
Gn是用于计算精确的自由能的,操作也是定死的,显然不能跑IRC。如果用Gn做了过渡态,取Gn过程中的优化部分的水平做IRC

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-16 08:47:59 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-9-15 10:28
Gn是用于计算精确的自由能的,操作也是定死的,显然不能跑IRC。如果用Gn做了过渡态,取Gn过程中的优化部分 ...

那只需要电子能的话就不必要用Gn系列了是吗?
另外请问一下,irc是能量最小反应路径,本身也是采用Gn优化的部分进行irc,然后再进行能量校正。与手动分别先用优化部分跑irc,然后单独取irc上的点进行能量校正区别在哪呢?

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2016-9-16 09:17:16 | 只看该作者 Only view this author
chem413 发表于 2016-9-16 08:47
那只需要电子能的话就不必要用Gn系列了是吗?
另外请问一下,irc是能量最小反应路径,本身也是采用Gn优 ...

精确的电子能直接用较高级别方法计算单点就完了,和热力学组合方法没关系
“单独取irc上的点进行能量校正”是指什么校正?没这种做法。如果是说热力学校正,IRC一般指的是电子能势能面上的IRC,不是自由能面上的IRC,自由能面上的IRC不太容易获得。如果你说高精度单点能,IRC是势能面性质,不能换用和优化时不同的势能面。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2016-9-16 09:28:38 | 只看该作者 Only view this author
Gn和IRC毛关系也没有。
Gn的过程是对初始结构自动进行优化、做振动分析,并以特定方式计算出高精度单点,然后相加得到各种热力学量。
Gn也能给出精度很高的单点能,但给出的是Gn自动优化的结构下的,不是你给定的结构下的。

所以不要把Gn这些热力学组合方法和一般的理论方法混为一谈,热力学组合方法确切来说属于一种“任务”。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-19 14:39:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-16 09:28
Gn和IRC毛关系也没有。
Gn的过程是对初始结构自动进行优化、做振动分析,并以特定方式计算出高精度单点, ...

谢谢 之前只是没明白irc是电子能的曲线 以为也可以是热力学能的曲线

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-19 14:39:53 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-9-16 09:17
精确的电子能直接用较高级别方法计算单点就完了,和热力学组合方法没关系
“单独取irc上的点进行能量校 ...

谢谢回复

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-9-19 20:54:40 | 只看该作者 Only view this author
chem413 发表于 2016-9-19 14:39
谢谢 之前只是没明白irc是电子能的曲线 以为也可以是热力学能的曲线

你可以自行对IRC每个点计算热力学数据也绘制成曲线。IRC上自由能曲线通常在量化里做变分过渡态理论算反应速率才需要。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-20 08:49:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-19 20:54
你可以自行对IRC每个点计算热力学数据也绘制成曲线。IRC上自由能曲线通常在量化里做变分过渡态理论算反应 ...

厉害!高手就是高手啊 还没说我想干什么就已经知道了我要干什么了

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 22:26 , Processed in 0.173125 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list