amber冻结原子跑动力学

浅原问问

各位老师好，我现在想用amber固定部分原子跑离子液体的动力学，在脚本中加入ntr=1发现一直错误，只要有ntr=1就会在log里显示 Error opening unit   10: File "refc" is missing or unreadable
。请问这是怎么回事啊？我在说明书里查到冻结原子的时候ntr>0的啊，下面是我的脚本和log，谢谢老师指导！

sobereva

你得用-ref refc来提供一个名为refc的文件定义参考位置。手册有说明

sander [-help] [-O] [-A] -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd -r restrt
-ref refc -mtmd mtmd -x mdcrd -y inptraj -v mdvel -frc mdfrc -e mden
-inf mdinfo -radii radii -cpin cpin -cpout cpout -cprestrt cprestrt
-evbin evbin -suffix suffix
-O Overwrite output files if they exist.
-A Append output files if they exist (used mainly for replica exchange).

refc input (optional) reference coords for position restraints; also used for targeted MD

浅原问问

sobereva 发表于 2016-9-20 16:11
你得用-ref refc来提供一个名为refc的文件定义参考位置。手册有说明

sander [-help] [-O] [-A] -i mdin  ...

谢谢老师，我找到这部分了。可是我生成不了refc文件，-ref refc显示没有这个命令，然后我加上sander也不行，自己用vi refc建了一个，可是不对。真的不好意思老师，这个部分我确实看不明白，也不知道该用什么命令，能不能麻烦您告诉我完整的命令去得到refc文件？真是不好意思老师，给您添麻烦了。。。

sobereva

浅原问问 发表于 2016-9-20 16:46
谢谢老师，我找到这部分了。可是我生成不了refc文件，-ref refc显示没有这个命令，然后我加上sander也不 ...

这和版本有关，amber近年来版本更迭，好多选项都变了。
可以参考Amber2015手册298页的例子
Minimization with Cartesian restraints
&cntrl
imin=1, maxcyc=200, (invoke minimization)
ntpr=5, (print frequency)
ntr=1, (turn on Cartesian restraints)
restraint_wt=1.0, (force constant for restraint)
restraintmask=’:1-58’, (atoms in residues 1-58 restrained)
/

therotyonth

你好！个人认为你加-ref 参数后面的文件，在开始的时候应该设置为你计算使用的inpcrd文件。
后续的可以继续使用该文件，或者使用上一步的rst文件。也就是说该-ref 参数后面跟的文件应该和你-c 后面的文件相同。
两种方法一般情况下我们使用后一种方法较多。

浅原问问

therotyonth 发表于 2016-9-20 21:20
你好！个人认为你加-ref 参数后面的文件，在开始的时候应该设置为你计算使用的inpcrd文件。
后续的可以继 ...

好的，谢谢老师，我明白该使用哪个文件了。但是现在我还是不会生成refc文件，就是需要固定的原子的定义参考位置的坐标文件。请问这个文件该怎么得到呢？辛苦老师了

therotyonth

浅原问问 发表于 2016-9-21 08:19
好的，谢谢老师，我明白该使用哪个文件了。但是现在我还是不会生成refc文件，就是需要固定的原子的定义参 ...

refc文件本身不需要生成，直接使用inpcrd或者rst文件即可。你要定义的限制参数是在input 文件中设置的，当你设置了限制那些原子的时候，会自动到inpcrd或者rst文件中的相应原子或分子作为参考加以限制。不需要单独的生成参考位置的坐标文件。