chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算

欢乐多

Duoo 发表于 2024-10-18 23:12
请问TJ老师,这个流程的第三步,优化结构似乎没有带溶剂么?但是溶剂对于结构优化不是也影响挺大的么?如果我们 ...

您好，
如果优化需要带溶剂可以加上相应溶剂；
溶剂是否影响很大，这要看具体的分子结构，有些分子加上溶剂优化后的变化不是很大，有些很大；我的经验，溶剂没有初始构象的影响大，初始构象是关键，因此构象搜索更加重要；
Gaussian的计算速度是需要设置运行的核数，有两种途径，加入到关键词或改变Gaussian的default设置；
你们计算节点我也不是很了解，我之前用的是，一个节点中有几百核可用，如果用户太多，有些任务会暂停；一个节点任务太多，提交任务可换其他节点。
谢谢

Newbee_Ccc

欢乐多 发表于 2023-11-14 15:12
如果时间充足，喜欢折腾，使用三种构象搜索软件，比如spartan，shcordiner, xtb, gromacs, tinker等，将 ...

感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能量最低构象了吧？

wzkchem5

Newbee_Ccc 发表于 2025-4-3 10:20
感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能 ...

“一般小分子化合物”太宽泛
我前段时间搜六正丁基二锡的构象，6kcal/mol以内有几万个

欢乐多

Newbee_Ccc 发表于 2025-4-2 18:20
感谢博主，非常感谢分享，也还是想请教下，一般小分子化合物，1000k，2000个conformer，基本上也能涵盖能 ...

用Gromacs动力学进行构象搜索，如果温度合适，应该可以。所以本脚本中提供了3个不同温度下的构象搜索，选择合适的温度，基本可以满足。

欢乐多

wzkchem5 发表于 2025-4-2 18:22
“一般小分子化合物”太宽泛
我前段时间搜六正丁基二锡的构象，6kcal/mol以内有几万个

如果用XTB优化后还有几万个，这种情况天然产物还没出现过。