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[Sobtop] sobtop无法生成MS画的SiO2的itp

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大家好,我用vmd生成的层状SiO2.pdb却可以被Sobtop识别生成itp。
但使用MS生成的层状SiO2的pdb,再用Sobtop生成itp文件时原子不被识别。
请问如何解决,感谢回答!(MS生成的SiO2.pdb已上传)

屏幕截图 2023-11-18 145704.png (66.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

屏幕截图 2023-11-18 145704.png

SiO2-MS.pdb

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发表于 Post on 2023-11-18 19:27:38 | 只看该作者 Only view this author
通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

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发表于 Post on 2023-11-18 20:44:06 | 只看该作者 Only view this author
把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换,几秒钟就解决了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-19 09:12:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-18 20:44
把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换,几秒钟就解决了

谢谢sob老师,好使了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-19 09:12:59 | 只看该作者 Only view this author
五月雨 发表于 2023-11-18 19:27
通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

感谢回复,之前试过了,还是不行

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发表于 Post on 2023-11-21 13:32:06 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-11-19 09:12
感谢回复,之前试过了,还是不行

我用你给的文件试了,没发现问题

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