求助:使用tleap建模后，蛋白质结构发生改变

lzy233 · 发表于 Post on 2023-11-18 19:07:48

本帖最后由 lzy233 于 2023-11-18 22:03 编辑

使用tleap建模后，蛋白质结构发生改变，这种情况该怎么处理呢？确实没有思路

使用的代码：
source leaprc.protein.ff14SB
pro = loadpdb protein_removeH.pdb
check pro
source leaprc.gaff
loadamberparams ligand.frcmod
lig = loadmol2 ligand_resp.mol2
check lig
com = combine {pro lig}
check com
source leaprc.water.tip3p
solvatebox com TIP3PBOX 10.0
charge com
addIons2 com Cl- 0
check com
saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd

acpype -p com.prmtop -x com.inpcrd

生成前的结构

生成后的结构

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-11-19 11:56:23

可以检查你的PDB是否有多条链被识别为一条的情况，或者链中间是否有缺失部分，如果存在上述情况，tleap会将间断部分连起来，从而出现问题

lzy233 · 发表于 Post on 2023-11-21 01:33:57

Frozen-Penguin 发表于 2023-11-19 11:56
可以检查你的PDB是否有多条链被识别为一条的情况，或者链中间是否有缺失部分，如果存在上述情况，tleap会将 ...

确实断链了该怎么修复呢？Swiss-model重新建模吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-11-22 19:46:18

lzy233 发表于 2023-11-21 01:33
确实断链了该怎么修复呢？Swiss-model重新建模吗？

各种建模软件都可以，把缺失部分补上就能解决tleap中出现的问题。

linlinlinmi · 发表于 Post on 2025-12-26 22:16:03

请问如果遇到了PDB中多条链被识别为一条的情况该怎么解决呢？我正在搭建多肽自组装模型，不希望它被识别成一条链。

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