聚集体几何结构优化慢的问题

ZHUOHAO

各位老师请教下：
初次尝试使用CP2K对聚集体进行几何优化，这是提交任务两天的输出结果，自己手动结束了任务，inp文件是通过Multiwfn产生的。感觉算的有点慢，不知道是不是输入文件里哪里有问题还是单胞里的片段太多的原因。恳请各位老师指教！谢谢各位老师！

sobereva

1776原子能不慢才怪，用的还是奇怪的CPU
这种体系用PBE必须加D3
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

ZHUOHAO

sobereva 发表于 2023-11-24 06:54
1776原子能不慢才怪，用的还是奇怪的CPU
这种体系用PBE必须加D3
仔细看

谢谢老师指点！我后续调整下CPU的问题，那请问老师，我现在这个体系用原胞算更好是吗？

sobereva

ZHUOHAO 发表于 2023-11-25 10:33
谢谢老师指点！我后续调整下CPU的问题，那请问老师，我现在这个体系用原胞算更好是吗？

如果没有特殊原因，能用原胞当然用原胞，原子数少，计算显然快得多

ZHUOHAO

sobereva 发表于 2023-11-26 02:23
如果没有特殊原因，能用原胞当然用原胞，原子数少，计算显然快得多

那请问老师，您一般用什么软件转换原胞？我现在用material studio转换原胞，软件不显示原胞转换的操作，不太清楚是为什么转换不了或是说明导入的文件已经是原胞形式了？

sobereva

ZHUOHAO 发表于 2023-11-27 09:12
那请问老师，您一般用什么软件转换原胞？我现在用material studio转换原胞，软件不显示原胞转换的操作， ...

实验给你的晶体结构都是原胞（或者惯用胞），不会给你超胞。超胞是自己出于实际需要才去构建的。没有理由从超胞自行转化成原胞。另外，一个很大的晶胞未必就是超胞，许多分子晶体的原胞就是可能很大，没法约化成更小的重复单元。

我不用M$

ZHUOHAO

sobereva 发表于 2023-11-27 23:30
实验给你的晶体结构都是原胞（或者惯用胞），不会给你超胞。超胞是自己出于实际需要才去构建的。没有理由 ...

好的，谢谢sob老师。D3校正已经加上，那可以请您帮忙看一下这个输入文件还有哪里需要调整的地方吗


#Generated by Multiwfn
&GLOBAL
  PROJECT cp2k-go
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE GEO_OPT
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
    &CELL
      A    35.67300000     0.00000000     0.00000000
      B     0.00000000    30.26500000     0.00000000
      C     0.00000000     0.00000000    36.08200000
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)
    &END CELL
    &COORD
     原子坐标
    &END COORD
    &KIND C
      ELEMENT C
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND H
      ELEMENT H
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND N
      ELEMENT N
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND Zn
      ELEMENT Zn
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
    &KIND Cl
      ELEMENT Cl
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q7
      POTENTIAL GTH-PBE
    &END KIND
  &END SUBSYS

  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
#   WFN_RESTART_FILE_NAME Zn4-go-RESTART.wfn
    CHARGE    0 #Net charge
    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-12 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
    &END QS
    &POISSON
      PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
      PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
    &END POISSON
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
      &VDW_POTENTIAL
        POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
        &PAIR_POTENTIAL
          PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
          TYPE DFTD3(BJ)
          REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
        &END PAIR_POTENTIAL
      &END VDW_POTENTIAL
    &END XC
    &MGRID
      CUTOFF  400
      REL_CUTOFF  55
    &END MGRID
    &SCF
      MAX_SCF 128
      EPS_SCF 1.0E-06 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
      &DIAGONALIZATION
        ALGORITHM STANDARD #Algorithm for diagonalization
      &END DIAGONALIZATION
      &MIXING #How to mix old and new density matrices
        METHOD BROYDEN_MIXING #PULAY_MIXING is also a good alternative
        ALPHA 0.4 #Default. Mixing 40% of new density matrix with the old one
        NBROYDEN 8 #Default is 4. Number of previous steps stored for the actual mixing scheme
      &END MIXING
      &PRINT
        &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file
          BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &GEO_OPT
    TYPE MINIMIZATION #Search for minimum
    KEEP_SPACE_GROUP F #If T, then space group will be detected and preserved
    OPTIMIZER BFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or LBFGS
    &BFGS
      TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom
#     RESTART_HESSIAN T #If read initial Hessian, uncomment this line and specify the file in the next line
#     RESTART_FILE_NAME to_be_specified
    &END BFGS
    MAX_ITER 500 #Maximum number of geometry optimization
    MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change
    RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change
    MAX_FORCE 4.5E-4 #Maximum force
    RMS_FORCE 3E-4 #RMS force
  &END GEO_OPT
  &PRINT
    &TRAJECTORY
      FORMAT xyz
    &END TRAJECTORY
    &RESTART
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
    &END RESTART
  &END PRINT
&END MOTION

sobereva

ZHUOHAO 发表于 2023-11-28 09:49
好的，谢谢sob老师。D3校正已经加上，那可以请您帮忙看一下这个输入文件还有哪里需要调整的地方吗

没有明显问题。用OT有可能会令总耗时更低。

ZHUOHAO

sobereva 发表于 2023-11-29 00:03
没有明显问题。用OT有可能会令总耗时更低。

好的，非常感谢老师指点