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[GROMACS] NPT的时候卡在运行界面,但在前面能量最小化的过程无错误

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如题,以下为涉及到的文件。想实现的是在石墨烯板两侧控压,在z轴方向实现盒子的压缩,而xy方向不允许压缩。但运行md的时候出现一直卡在这个界面的情况。麻烦各位指点一下,不胜感激。

em.gro (90.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
em.top (393 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)
gra.itp (329.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
md.mdp (787 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)
spce.itp (746 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)



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发表于 Post on 2023-11-26 01:36:16 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
有时候是会这样,一般是体系炸了或者严重不稳定

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发表于 Post on 2023-11-26 03:00:25 | 只看该作者 Only view this author
若无特殊情况,一律用PME甭用慢得多的Ewald

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的找错误的思路解决,诸如先改用NVT、尝试去掉水,等等,反复对比弄清楚原因
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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