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[VMD] 同样的.gro输入文件在VMD中为何显示不同?

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本帖最后由 一昔a 于 2023-11-26 15:50 编辑

最近在自学gromacs,随便写了一个结构文件来做能量极小化,问题在这里,我创建的test.gro文件,在拖入window系统下VMD显示是这样的,分子结构能很清晰的表现出来。

我在Linux中跑完任务后,把文件通过xshell拷贝出来为test (3).gro,test (3).trr,然后我把test (3).gro拖入VMD中显示确实这样,一片黑,看不到分子结构。

我打开test.gro和test (3).gro文件,内容均是一致,放的文件目录也是一致,但是在VMD中显示却区别如此大,请问大家这是什么错误导致的,明明两个文件内容一模一样?


test(3).gro

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test.gro

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发表于 Post on 2023-11-26 20:07:09 | 只看该作者 Only view this author
明显计算存在硬伤,都已经变成了离谱的结构。怎么变的自行观看轨迹动画了解。完全不理解你怎么看出来 “内容均是一致” ,明摆着两个gro文件里的坐标天差地别
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 21:05:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-26 20:07
明显计算存在硬伤,都已经变成了离谱的结构。怎么变的自行观看轨迹动画了解。完全不理解你怎么看出来 “内 ...

感谢老师,我没注意坐标发生变化了...我把.gro文件传到Ubuntu后,计算会返回优化后的.gro文件呀,我还以为计算结果只储存在.trr里面,.gro文件和原来的一样呢...

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