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[Amber] 当配体编号为序列中间的某一个数字时该如何进行MMPBSA计算

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复合物包含LIG1, LIG2, LIG3, LIG4,protein。在complex.pdb中小分子的编号为1-4,氨基酸残基的编号为5-692。我想要分别以LIG1和LIG3为配体,其余部分为受体时计算结合自由能和分解自由能。
当以LIG1为配体计算时,先使用【ante-MMPBSA.py -p com.vac.prmtop -c com.new.prmtop -r receptor.prmtop -l ligand.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":1"】拆分受配体拓扑文件,mmpbsa.in文件中写入【receptor_mask=:2-692, ligand_mask=:1】,然后成功跑上了。
当以LIG3为配体计算时,先使用【ante-MMPBSA.py -p com.vac.prmtop -c com.new.prmtop -r receptor.prmtop -l ligand.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":3"】拆分受配体拓扑文件,mmpbsa.in文件中写入【receptor_mask=:1-2;4-692, ligand_mask=:3】,开始计算的时候报错,progress.log中说【MaskError: Unknown symbol (;) expression】,我认为是receptor_mask中的【;】写入错误,是受体不能是这样分段写的吗,正确写法是什么?还是说就不能这样写,这种情况下我该如何计算以LIG3为配体情况下的结合自由能?谢谢大家!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-4 16:45:29 | 只看该作者 Only view this author
解决了,把mmpbsa.in文件中【receptor_mask=:1-2;4-692, ligand_mask=:3】整句删掉,跑上了。

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