用Mecury或者PyMol查看晶体结构是重叠的，怎样消除重叠？

Oliviaw · 发表于 Post on 2023-12-5 19:25:33

本帖最后由 Oliviaw 于 2023-12-5 21:11 编辑

我在CCDC官网看到的晶体结构是没有重叠的，但是下载的cif文件用mercury打开的结构是重叠的。
如果一个一个原子去hide，我做不到，因为结构看不清，很容易hide错误的原子。
Mercury的手册上有提到Edit structure选项，不知道有没有用？
我用的是免费版的mercury，Edit structure功能需要licence，所以没法用。
于是，我换PyMol查看cif，试了display的几个功能，也无法消除重叠。

请问该怎样消除重叠？

Oliviaw · 发表于 Post on 2023-12-5 21:14:26

用CCDC官网的3D viewer上面的下载mol2文件。然后用Mercury打开，无序的原子就会变成叉。要把叉一个个删掉。

indec · 发表于 Post on 2023-12-6 09:54:16

晶体里存在无序，txt 打开 cif 后删掉一套无序就可以了。

Oliviaw · 发表于 Post on 2023-12-6 12:12:47

indec 发表于 2023-12-6 09:54
晶体里存在无序，txt 打开 cif 后删掉一套无序就可以了。

我删除了loop下面的无序的坐标，但是用mercury打开是报错：Entry epp5 gave error: Internal error: access of null handle.
请问您知道为什么会这样吗？

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