用Gaussian计算钠离子电池去溶剂化能问题求助

liuyuting · 发表于 Post on 2023-12-6 14:26:38

跑完MD之后，基本确定溶剂化结构。 Na+ 周围有 2个A， 1个B ，一个C 。
根据文献中给的去溶剂化能公式 Na+的去溶剂化能= 【Na+和2A B C一起的单点能】-【2A B C 一起的单点能】-【Na+的单点能】
根据MD，我用GaussView画出溶剂化结构视图。（ A B C在 Na+ 周围排布的空间方位我尽量按照MD画出来）
提问：① 我需要对画完的图进行opt吗？ opt之后空间方位会改变那我当初画它的时候参照 MD有什么意义呢？

② 进行单点计算时候需要隐式溶剂模型（比如SMD）。我不理解我的ABC不就是该电解液的溶剂吗我还要用一个隐式溶剂模型吗那请问关键词 scrf(SMD,solvent=溶液名称)，溶液名称填写什么？

以上只是我认为的去溶解化能的计算步骤如果不是按照这样的流程一步一步来的话还请有做过电解液的社友告诉我不甚感激。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-7 03:28:03

直接从MD轨迹中利用VMD的选择语句（看下文）抠出Na+和周围一层溶剂分子，做几何优化，然后按你说的公式计算（其实不完全严格，但很严格计算过于昂贵，既然文献里这么用就凑合着了）。根本不需要自己GaussView手动画
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

同时用隐式溶剂模型用来描述更外围的溶剂效应。需要自定义介电常数，参考下文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

liuyuting · 发表于 Post on 2023-12-8 15:29:32

sobereva 发表于 2023-12-7 03:28
直接从MD轨迹中利用VMD的选择语句（看下文）抠出Na+和周围一层溶剂分子，做几何优化，然后按你说的公式计算 ...

好的谢谢老师！

liang666 · 发表于 Post on 2024-1-9 19:45:35

liuyuting 发表于 2023-12-8 15:29
好的谢谢老师！

你好，能把文献分享一下么，看下怎么算的

wz2403 · 发表于 Post on 2024-1-23 23:06:52

也来学习学习~~~

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