求助报错： Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1

Battleye · 发表于 Post on 2023-12-15 15:48:15

本帖最后由 Battleye 于 2023-12-15 15:50 编辑

添加离子报错：
ERROR 1 [file AU.itp, line 10]:
  Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1 (rather, atomnr =
  1, while at->nr = 1)

我的AU.itp内容为：
[ atoms ]
;  Index type residue  resname atom       cgnr    charge    mass
   1    UF_Au    1    AUM    AU          1 0.00000000  196.966569
   2    UF_Au    1    AUM    AU          2 0.00000000  196.966569
   3    UF_Au    1    AUM    AU          3 0.00000000  196.966569
   4    UF_Au    1    AUM    AU          4 0.00000000  196.966569
   5    UF_Au    1    AUM    AU          5 0.00000000  196.966569
   6    UF_Au    1    AUM    AU          6 0.00000000  196.966569
   7    UF_Au    1    AUM    AU          7 0.00000000  196.966569
   8    UF_Au    1    AUM    AU          8 0.00000000  196.966569
   9    UF_Au    1    AUM    AU          9 0.00000000  196.966569
10    UF_Au    1    AUM    AU          10 0.00000000  196.966569
11    UF_Au    1    AUM    AU          11 0.00000000  196.966569
12    UF_Au    1    AUM    AU          12 0.00000000  196.966569
13    UF_Au    1    AUM    AU          13 0.00000000  196.966569
14    UF_Au    1    AUM    AU          14 0.00000000  196.966569
15    UF_Au    1    AUM    AU          15 0.00000000  196.966569
16    UF_Au    1    AUM    AU          16 0.00000000  196.966569

第十行就是；index.....下面那一行

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-15 20:26:11

上传完整拓扑文件

申荣 · 发表于 Post on 2026-1-15 14:44:23

本帖最后由申荣于 2026-1-15 14:46 编辑

老师我也出现了同样的问题，这是我的top文件，烦请您看一下我的为何也出现ERROR 1 [file mix.top, line 38]:
Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1 (rather, atomnr =
1, while at->nr = 9)这样的错误

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