cp2k模拟后处理分析使用gmx计算msd，怎么才能得到较为准确的扩散系...

linyushuang · 发表于 Post on 2023-12-18 20:55:59

请问下大家，我在用gmx对cp2k的轨迹进行后处理分析。使用不同的拟合区间，对扩散系数的影响是不一致的，我如果需要对不同体系进行扩散系数的一个横向对比，应该是需要一个比较确切的扩散系数。
1、我对不同的一个区间进行拟合，都有着不一样的扩散系数，我应该怎么判断哪个区间拟合的扩散系数是最为准确的，是gmx拟合出来的扩散系数后面的误差来确定吗？如果是这样的话，是不是将拟合区间设置在6-10ps会最为准确？
2、对于这个拟合区间的选择应该是有什么样的一个标准呢？我是通过 MSD/6t 然后寻找接近的水平区间作为一个拟合的区间。

3、cp2k模拟了总时长35ps的轨迹，这个时间尺度的轨迹能不能准确的描述出扩散系数呢？我的体系是Zn(OTF)2的水溶液+聚合物的体系。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 21:11:26

取MSD较平直部分拟合，5-25ps还可以

为了证明数值准确度，可以反复跑多次模拟，如果每次结果都相差不太多，最终取平均值作为报道的结果

linyushuang · 发表于 Post on 2023-12-18 21:35:07

sobereva 发表于 2023-12-18 21:11
取MSD较平直部分拟合，5-25ps还可以

为了证明数值准确度，可以反复跑多次模拟，如果每次结果都相差不太 ...

社长，我对5-25ps的区间拟合了一下，D[ ZN] 0.0602 (+/- 0.0307) 1e-5 cm^2/s，这个扩散系数的误差0.0307是不是有点接近算出来0.0602的数值了呢？我如果要横向比较其他体系，是不是选取的区间要一致比较好呀？

linyushuang · 发表于 Post on 2023-12-18 21:44:38

sobereva 发表于 2023-12-18 21:11
取MSD较平直部分拟合，5-25ps还可以

为了证明数值准确度，可以反复跑多次模拟，如果每次结果都相差不太 ...

社长，您这说的反复跑多次模拟，指的是同一个初始结构跑多次嘛，还是用Packmol通过 seed -1 构建多个初始结构模拟呢？如果是不同的初始结构会不会因为不同的溶剂化配位行为而导致了不一样的扩散结果，所以一个初始结构跑多次更为合理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 23:40:23

linyushuang 发表于 2023-12-18 21:35
社长，我对5-25ps的区间拟合了一下，D[ ZN] 0.0602 (+/- 0.0307) 1e-5 cm^2/s，这个扩散系数的误 ...

误差偏大
没有严格要求必须一致

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 23:43:02

linyushuang 发表于 2023-12-18 21:44
社长，您这说的反复跑多次模拟，指的是同一个初始结构跑多次嘛，还是用Packmol通过 seed -1 构建多个初始 ...

同一个初始结构，每次随机初始化初速度就行

linyushuang · 发表于 Post on 2023-12-19 10:47:51

sobereva 发表于 2023-12-18 23:40
误差偏大
没有严格要求必须一致

社长，误差在十倍左右的时候，这个误差可以接受的吗？还是说这个误差需要在一个标准的范围之内呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-19 12:32:48

linyushuang 发表于 2023-12-19 10:47
社长，误差在十倍左右的时候，这个误差可以接受的吗？还是说这个误差需要在一个标准的范围之内呢？

误差比拟合值小接近一个数量级就基本可以接受

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