求助：Fix bond/react运行时总是提示 特殊键溢出

JXW1222

这是我的原始脚本：

units real


boundary p p p


atom_style full


kspace_style pppm 1.0e-4


pair_style lj/class2/coul/long 10


angle_style class2


bond_style class2


dihedral_style class2


improper_style class2


special_bonds lj/coul 0 0 0.5
pair_modify tail yes mix sixthpower


read_data two_BMI_molecules.data


velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian


molecule mol1 rxn1_stp1_pre.molecule_template
molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template
molecule mol3 rxn1_stp2_post.molecule_template


thermo 50


dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz


fix rxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 &
  react rxn1_stp1 all 1 2 5 mol1 mol2 rxn1_stp1.map &
  react rxn1_stp2 all 1 2 5 mol2 mol3 rxn1_stp2.map &


fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100


thermo_style custom step temp f_rxns[1]


run 2000


write_restart restart_longrun
write_data restart_longrun.data nofix

这个in文件是我根据Lammps包里面的example改写的，当我运行时总是提示我
ERROR: Molecule auto special bond generationoverflow (src/molecule.cpp:1556)

Last command: molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template

请教各位大佬，问题出在data文件，还是出在in文件的special_bonds部分

乞讨时间

请问问题解决了吗

Graphite

乞讨时间 发表于 2025-3-19 18:46
请问问题解决了吗

bond/create改变原本连接性，会增加拓扑中special的数量。read_data增大extra/speical/per/atom这个预留空间就行。这个数本身不会影响计算结果，只是预留内存空间。其余extra/angles/per/atom等亦同理。