pdb2gmx运行时报错

MOI_001 · 发表于 Post on 2023-12-19 16:30:26

在运行pdb2gmx时报错显示如下内容
报错内容：
Fatal error:
Residue 3 named LEU of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CD2 used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.在pdb文件中查找发现文件中包含CD2，但发现LEU的编号为5而不是3，请问各位大佬是不是因为这个原因报错，如果是的话，要如何解决呢？（纯小白，可以写的详细一些吗？

）
查找pdb中对应内容：
ATOM    29  N LEU A 5    28.311  -5.823 -22.825  1.00 12.94
ATOM    30  CA  LEU A 5    28.554  -7.039 -22.077  1.00 11.13
ATOM    31  C LEU A 5    27.658  -8.143 -22.506  1.00 10.18
ATOM    32  O LEU A 5    26.455  -7.948 -22.723  1.00 12.08
ATOM    33  CB  LEU A 5    28.364  -6.789 -20.554  1.00 14.64
ATOM    34  CG  LEU A 5    29.277  -5.734 -20.004  1.00 17.62
ATOM    35  CD1 LEU A 5    28.919  -5.574 -18.552  1.00 21.16
ATOM    36  CD1 LEU A 5    30.727  -6.122 -20.171  1.00 21.23
ATOM    37  H LEU A 5    27.501  -5.542 -22.762  1.00 99.99
ATOM    38  HA  LEU A 5    29.470  -7.322 -22.223  1.00 99.99
ATOM    39  HB1 LEU A 5    27.450  -6.505 -20.395  1.00 99.99
ATOM    40  HB2 LEU A 5    28.541  -7.615 -20.076  1.00 99.99
ATOM    41  HG  LEU A 5    29.122  -4.892 -20.461  1.00 99.9
查找rpt文件对应内容：

[ LEU ]
[ atoms ]
   N N          -0.41570    1
   H H          0.27190    2
CA CT       -0.05180    3
HA H1          0.09220    4
CB CT       -0.11020    5
HB1 HC          0.04570    6
HB2 HC          0.04570    7
CG CT          0.35310    8
HG HC       -0.03610    9
CD1 CT       -0.41210 10
  HD11 HC          0.10000 11
  HD12 HC          0.10000 12
  HD13 HC          0.10000 13
CD2 CT       -0.41210 14
  HD21 HC          0.10000 15
  HD22 HC          0.10000 16
  HD23 HC          0.10000 17
   C C          0.59730 18
   O O          -0.56790 19

CXCL8_spdbv.pdb (82.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-19 18:22:57

pdb2gmx显示的残基号是从1开始排的，和pdb里的残基号可能不符，注意这个问题

MOI_001 · 发表于 Post on 2023-12-19 21:42:38

sobereva 发表于 2023-12-19 18:22
pdb2gmx显示的残基号是从1开始排的，和pdb里的残基号可能不符，注意这个问题

是需要该pdb文件吗？可以用什么软件或是网站修改呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-20 01:31:01

MOI_001 发表于 2023-12-19 21:42
是需要该pdb文件吗？可以用什么软件或是网站修改呢？

pdb里相应残基缺原子

MOI_001 · 发表于 Post on 2023-12-20 10:06:21

sobereva 发表于 2023-12-20 01:31
pdb里相应残基缺原子

请问要用什么工具补充缺失原子啊？spdbv可以吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-21 03:14:00

MOI_001 发表于 2023-12-20 10:06
请问要用什么工具补充缺失原子啊？spdbv可以吗

pdbfixer、WHAT IF等等

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[GROMACS] pdb2gmx运行时报错

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