求助：金属原子的top文件要怎么写

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-12-20 15:08:21

老师，我想要写一个锂原子的top文件，但是我想要他带有电荷，我写成下面这张图写会不会就变成了锂离子了。
我在OPLS力场中的ffnonbonded.itp 和atomtypes.atp 中都加入这两种原子的LJ参数。不知道这么写是不是对的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-21 03:42:46

锂原子又带有电荷，不知道你要干什么。电荷怎么设成了-0.4

你若要定义有特定电荷的Li，直接把OPLS-AA目录下的ions.itp的Li+的信息复制出来，改个moleculetype的名字，写上电荷值就完了

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-12-21 09:39:14

sobereva 发表于 2023-12-21 03:42
锂原子又带有电荷，不知道你要干什么。电荷怎么设成了-0.4

你若要定义有特定电荷的Li，直接把OPLS-AA目 ...

老师, 是模拟锂电极，想要电极表面带电

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-21 19:36:26

本帖最后由 slxc920113 于 2023-12-21 19:52 编辑

打豆豆的灰鸭发表于 2023-12-21 09:39
老师, 是模拟锂电极，想要电极表面带电

锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如morse或者Buckingham）描述会更好，但是和传统力场的兼容性太差，所以也有一些学者专门拟合了LJ的形式，下面这篇文章里面整理和很多金属体系的LJ参数，其中就包括你需要的BCC的锂金属。

1-s2.0-S0927025622001227-main.pdf (275.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

需要说明的是，文章里面的表格单位是错的，LJ那儿的sigma的单位应该是埃，表里面的数值也不需要e后面的部分，epsilon换算成kJ/mol应该需要乘以阿伏伽德罗常数。

锂金属的LJ参数应该是：sigma=0.2811 nm epsilon=19.69142 kJ/mol

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-12-21 19:57:52

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

谢谢啦，我用的不是锂离子的LJ参数，是锂原子的，也是在文献中获得，只是这个top不知道怎么描述

tyb · 发表于 Post on 2025-6-8 23:19:44

slxc920113 发表于 2023-12-21 19:36
锂金属电极用Li+的LJ参数不太合适，对于金属体系，虽然原则上用多体势或者其他形式更加复杂的力场（如mor ...

楼主有没有Bi原子的参数呢？跪谢

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