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[CP2K] 用CI-NEB搜索过渡态时显示“KILLED BY SIGNAL:9(killed)报错怎么解决?

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各位,我在CP2K中用CI-NEB搜索过渡态时老是显示以下报错是怎么回事,我修改不同参数进行了很多次尝试,不过还是不行,请问各位有什么好的解决办法,望不吝赐教,非常感谢!反应物,产物和输入文件在附件

p.xyz

21.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

产物结构

r.xyz

21.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

反应物结构

ts.inp

28.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

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发表于 Post on 2023-12-21 03:38:38 | 只看该作者 Only view this author
看副本的out文件里的信息判断原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 11:48:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-21 03:38
看副本的out文件里的信息判断原因

sob老师,副点的out文件没有什么可用的信息呢,我256G的内存,应该不是内存不够的原因吧,请问老师还有什么可能的原因吗?

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发表于 Post on 2023-12-22 15:57:36 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-12-22 11:48
sob老师,副点的out文件没有什么可用的信息呢,我256G的内存,应该不是内存不够的原因吧,请问老师还有什 ...

诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨,别小瞧了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 16:12:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
副本多的时候内存消耗量经常甚巨,别小瞧了

好的sob老师,那这个可以储存到硬盘里吗?服务器装了一个16TB的硬盘

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发表于 Post on 2023-12-22 16:14:35 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-12-22 16:12
好的sob老师,那这个可以储存到硬盘里吗?服务器装了一个16TB的硬盘

不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt关于内存使用问题




还可以用psmp版让每个副本只用OpenMP方式并行节约内存
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 17:56:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 16:14
不能

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的 ...

好的,谢谢sob老师,我再研究研究

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 21:04:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 15:57
诸如10个副本,内存消耗量就相当于跑10个独立的任务
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sob老师,我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35,总点数从9降到7,然后就已经开始计算了,这是不是说明之前的报错真的是内存不够导致的?

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发表于 Post on 2023-12-22 21:40:20 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-12-22 21:04
sob老师,我最后试了一下将CUTOFF和REC-CUTOFF降到300和35,总点数从9降到7,然后就已经开始计算了,这是 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 21:39:44 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我另一个帖问了您反应物,产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致,您让我把相关能量的设置设成一样的,为了验证能量能否一致,我想着把7个点改成5个点,CUTOFF和REC-CUTOFF从300,35提到和优化一致的600,55,k点从1,1,1提到2,2,1验证一下,结果一提交计算还是本帖一样的报错,sob老师,256G内存5个点都算不了,是不是有点夸张了,按这个情况的话,我这个体系搜索过渡态根本就做不了,老师,您看您有什么好的建议可以帮帮我吗?属实没辙了,导师又催得紧

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发表于 Post on 2023-12-27 01:21:40 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-12-26 21:39
sob老师,我另一个帖问了您反应物,产物优化后的能量和搜索过渡态的能量不一致,您让我把相关能量的设置 ...

前面说了,尝试psmp版
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 21:57:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-27 01:21
前面说了,尝试psmp版

sob老师,好像没什么用哎,我用psmp版算5个点还是同样的报错哎,我打开了内存实时查看,一提交计算使用的内存就会急剧增加,不过就几秒的时间就报错了,这个时候内存也还剩200G左右啊。sob老师,还有k点对耗内存的影响打不打?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-28 20:43:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,会不会是我运行psmp版搞错了,您可以帮我看一下吗,我用psmp版计算之前popt版都可以算的7个点输入文件都报本帖的错哎,这不符合常理啊

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