Gaussian计算MOF片段的电荷电性相反问题

玊尔 · 发表于 Post on 2023-12-25 17:10:15

大家好。想重复一下这篇文章

金属—有机骨架材料中甲烷吸附性质的分子模拟与量化计算_阎淑芸.pdf (7.89 MB, 下载次数 Times of downloads: 9) 最后部分的UMCM-2电荷计算部分，其中BTB结构尝试过很多方法，总是会有C出现电性相反的问题。

试过像上图这样边缘只有一侧保留O，但是结果还有电性相反，所以以下的尝试都是三侧保留了各自的两个O：

关于O的饱和方式，尝试过文献中的方法用H去饱和，或者参考仲崇立老师的CBAC方法用-CH3去饱和或者Li(因为O在UMCM-2中是与金属原子相连的，所以根据CBAC的理念用相对较轻的Li去饱和)饱和,C的电性始终都有与文章中相反的结果。三侧都用-CH3饱和可能是体系太大，计算总是失败，所以以一侧用-CH3去饱和，另两侧用H 饱和的方式为例来请教大家。输入文件

12.19 BTB bufen.gjf (3.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) 见附件，计算结果见下图中。

想问，为什么会出现这种情况，是我饱和方式的问题还是什么问题，我该怎么调整呢？怎么样才能不出现电性相反的情况？

输出文件的部分：（输出文件太大不能上传，这里先截一小部分图）

pal · 发表于 Post on 2023-12-25 20:27:37

没看错的话那两个氧是羧基上的氧啊，拿CH3和H去饱和是要干啥

玊尔 · 发表于 Post on 2023-12-26 09:42:53

pal 发表于 2023-12-25 20:27
没看错的话那两个氧是羧基上的氧啊，拿CH3和H去饱和是要干啥

因为想要保证它结构的完整性,这个晶胞结构可以分为三个片段，我截出来的是其中一个片段叫BTB,它在原胞中边缘O原子是与另外一个片段里的金属原子相连的，所以为了使O的电荷可以算准，想要保留其周围环境，尝试过仲崇立老师提的CBAC理念中的Li去饱和，结果不对，所以就又尝试了上面附上的文献用H饱和的方式和CBAC中提到-CH3饱和方式。

pal · 发表于 Post on 2023-12-26 09:58:06

玊尔发表于 2023-12-26 09:42
因为想要保证它结构的完整性,这个晶胞结构可以分为三个片段，我截出来的是其中一个片段叫BTB,它在原胞中 ...

那你的输入文件为什么是两个O上连着CH3，另外4个O上连着H

玊尔 · 发表于 Post on 2023-12-28 09:30:46

pal 发表于 2023-12-26 09:58
那你的输入文件为什么是两个O上连着CH3，另外4个O上连着H

因为全部连-CH3可能体系太大，总是算不出来，所以想只保留一侧的-CH3，另一侧换成-H，对比一下这几侧的结果，但是发现C的电荷还是有负的，不知道怎么解决。

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