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[辅助/分析程序] 关于使用sobEDAw分析三个片段间的相互作用所遇到的问题。

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老师好,我在使用sobEDAw进行三个片段之间的相互作用分析时,有一些疑惑。我将我的体系分成A、B和C三个片段,如果我想知道A与B、B与C以及A与C之间的相互作用,应该在哪里找到具体的结果?输出的结果如下:

result.txt

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发表于 Post on 2023-12-26 03:51:51 | 只看该作者 Only view this author
用三个片段计算,sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作用能和成份,只能依次取二聚体模型用sobEDA.sh来算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 14:07:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-26 03:51
用三个片段计算,sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作 ...

谢谢老师的指导,还有一个问题想要请教,如果我选取两个片段单独计算的话,我是否可以将第三个片段考虑成外势加到我的计算当中去?

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发表于 Post on 2023-12-27 01:17:20 | 只看该作者 Only view this author
ZhenGong 发表于 2023-12-26 14:07
谢谢老师的指导,还有一个问题想要请教,如果我选取两个片段单独计算的话,我是否可以将第三个片段考虑成 ...

原理上可以。但当前的脚本没考虑这种特殊情况,得自己折腾
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发表于 Post on 2025-3-3 14:31:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-26 03:51
用三个片段计算,sobEDA/sobEDAw只会给你三个片段之间总相互作用能和物理成份
要得到每两个片段之间相互作 ...

老师,我有个分子,那么我想分为三个片段A,B,C。那么如果我想知道A和B的相互作用,是要把C包含的原子删除么,然后把A和B组成一个整体,然后再划分2个片段?

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发表于 Post on 2025-3-4 16:46:52 | 只看该作者 Only view this author
飞奔的点点 发表于 2025-3-3 14:31
老师,我有个分子,那么我想分为三个片段A,B,C。那么如果我想知道A和B的相互作用,是要把C包含的原子删除 ...

是。只不过这样体现不出来C对A和B的极化以及电荷转移作用,但多数情况这种效应可以忽略,看具体体系
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