求助，如何将host晶体中的一个分子替换成guest分子（二聚体计算）

zhuwu · 发表于 Post on 2024-1-3 02:51:35

本帖最后由 zhuwu 于 2024-1-3 04:08 编辑

本人目前在做一个主客体参杂体系的激发态计算，想得到其主客体双分子体系的单线态和三线态能量。主体和客体分子的单晶结构都已经得到，但是不知道如何将主体晶体结构中的一个分子替换成客体分子.如果可以写出相关操作步骤那就太好了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-3 02:58:38

说明你是要算晶体，还是算这两个晶体中提取出来的分子构成的孤立的二聚体。如果是前者，做这种替换没意义，跟实际情况不可能相符。

zhuwu · 发表于 Post on 2024-1-3 04:06:38

sobereva 发表于 2024-1-3 02:58
说明你是要算晶体，还是算这两个晶体中提取出来的分子构成的孤立的二聚体。如果是前者，做这种替换没意义， ...

是后者，二聚体.

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-3 08:14:35

按下文，让Multiwfn基于晶体结构产生完整分子结构，抠出来
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

然后把两个分子结构利用genmer产生二聚体初始结构，并结合molclus做二聚体构型搜索
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

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