一个快速转换ORCA输出文件到xyz格式文件的脚本

邓苏微

课题组内同学一直很喜欢用xyz文件格式来交流课题进展，最近用ORCA计算课题，ORCA的输出文件orca.out不能用xyzviewer和VMD等查看xyz的软件打开，因此我用Python写了一个简单脚本，能很快的转换格式，因此分享给论坛成员，方便大家使用。脚本的内容大致是查询到ORCA输出文件out的坐标，然后提取出来。

运行方式：将这个脚本和正常终止的orca.out文件放入同一目录，然后输入：python3  orca2xyz.py 最后的输出是一个orca_out.xyz的文件，这个文件可以用VMD打开或者用xyzviewer打开。
注意：如果ORCA程序输出out文件名称不是"orca.out"，那么则需要修改此脚本里面的内容，修改out文件名称即可。

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其实正常结束的ORCA单点计算就会输出xyz格式的结构，几何优化计算会输出xyz格式的轨迹。