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[GROMACS] 在gromacs中如何模拟金属离子与蛋白的配位作用呢?

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诸位大佬,在gromacs中如何模拟金属离子(例如2价铜离子)与蛋白的配位作用呢?


最近实验发现Cu2+与(VPGVGVPGVGVPGVGFGAILSS)10中的丝氨酸(S)存在配位作用,可以稳定蛋白的beta结构。我想用gromacs模拟蛋白的MD观察配位稳定蛋白结构的分子机制,但是如果使用charmm36或者amber只是单纯的引入2价Cu,而没有办法看Cu与丝氨酸的配位作用?

之前看到过论坛中MPCB.py可以构建金属离子和蛋白配位的力场参数,但是仔细研究发现都是固定好配置位置的,但是目标蛋白(VPGVGVPGVGVPGVGFGAILSS)10是高度可重复的,所以这时候我就不知道怎么办了。

各位大佬有没有相关的教程或者文章推荐下?我查询到2价Znic与蛋白的配位可以通过修改与Zinc配位的氨基酸力场参数,我目前没有找到Cu的,所以特意来论坛里,寻求大家帮助,或者如果表征2价Cu与丝氨酸的配位稳定蛋白的beta结构也可以。


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发表于 Post on 2024-1-22 22:53:47 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子与蛋白的配位效应” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-1-22 22:56:30 | 只看该作者 Only view this author
尝试用J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 289−297里的Cu2+的参数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-23 18:43:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dayu8278 于 2024-1-23 18:49 编辑
sobereva 发表于 2024-1-22 22:56
尝试用J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 289−297里的Cu2+的参数


首先非常感谢sob老师的指点。

下午我一直在看这篇文献,这篇文献通过在Amber力场中的LJ势能加入1/r4势能项(12-6-4势能)从而引入了离子诱导偶极势能,来模拟离子的配位效应。

其中,1/r4势能项需要计算离子与周围粒子的势能才需要的。这里我想请教下老师,请问如何在Charmm中引入全新的势能形式呢(1/r4势能)?我知道在nnffbonded.itp里可以修改每种粒子的势能参数,但是都是对于常规LJ12-6势能来说的,但是12-6-4势能我就不知道怎么办了,真心求教?

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发表于 Post on 2024-1-23 19:42:52 | 只看该作者 Only view this author
dayu8278 发表于 2024-1-23 18:43
首先非常感谢sob老师的指点。

下午我一直在看这篇文献,这篇文献通过在Amber力场中的LJ势能加入1/r4 ...

GROMACS不支持12-6-4,只能用12-6形式。非要用前者的话需要用AMBER程序(以前GROMACS还支持列表势,可以间接用12-6-4,新版本也没了)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-23 20:07:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 19:42
GROMACS不支持12-6-4,只能用12-6形式。非要用前者的话需要用AMBER程序(以前GROMACS还支持列表势,可以 ...

谢谢sob老师的回复,我最近在用phbuilder模拟蛋白在不同pH条件下的动力学,这个软件调用的是gmx, 2021-beta1版本,请问这个版本还支持12-6-4的table吗?

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发表于 Post on 2024-1-23 23:31:58 | 只看该作者 Only view this author
dayu8278 发表于 2024-1-23 20:07
谢谢sob老师的回复,我最近在用phbuilder模拟蛋白在不同pH条件下的动力学,这个软件调用的是gmx, 2021-be ...

gromacs始终不支持12-6-4
列表势从2020开始不再支持
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 09:01:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 23:31
gromacs始终不支持12-6-4
列表势从2020开始不再支持

谢谢Sob老师的指点

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发表于 Post on 2024-6-17 16:25:22 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

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发表于 Post on 2024-7-12 16:56:40 | 只看该作者 Only view this author
marklee 发表于 2024-6-17 16:25
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b00407

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发表于 Post on 2024-7-12 16:56:49 | 只看该作者 Only view this author
marklee 发表于 2024-6-17 16:25
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.0c01337

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