使用CI-NEB粗算过渡态后，用命令neb2dim.pl无法生成dim文件夹

lina199904 · 发表于 Post on 2024-1-22 12:59:02

使用CI-NEB粗算过渡态后，用命令neb2dim.pl无法生成dim文件夹，显示
[root@localhost H2-3=H+H-3]# neb2dim.pl

FORMING DIMER BETWEEN IMAGES 1 and 2

03
The two files are not of the same length
mv: cannot stat `MODECAR': No such file or directory
sh: MODECAR02: No such file or directory
MODECAR02 not found in this directory

123wo · 发表于 Post on 2024-1-23 08:38:13

用于生成modecar的前后两个文件在行数上不同，比如POSCAR是不是4.x还是5.x版本，以及有没有空行

lina199904 · 发表于 Post on 2024-1-23 10:51:08

123wo 发表于 2024-1-23 08:38
用于生成modecar的前后两个文件在行数上不同，比如POSCAR是不是4.x还是5.x版本，以及有没有空行

太感谢了，检查了一下确实是行数不一样

hxf-tyut · 发表于 Post on 2024-3-12 11:59:50

请问这种情况只能重新进行CI-NEB嘛

lina199904 · 发表于 Post on 2024-3-12 14:49:50

hxf-tyut 发表于 2024-3-12 11:59
请问这种情况只能重新进行CI-NEB嘛

检查一下计算过渡态的所有插点文件夹中的POSCAR行数是否一致，比如有没有多余的除了原子坐标外的行数，我将POSCAR修改一致后可以生成dim文件

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[VASP] 使用CI-NEB粗算过渡态后，用命令neb2dim.pl无法生成dim文件夹