大家是怎么命名文件夹和输入文件的呢？

Kamistry

想问一下大家，对于一个课题，特别是涉及很多过渡态和中间体的催化循环那种，大家是怎么命名文件夹和输入文件的呢？有没有好的建议让文件条理清晰，不容易混淆，需要的时候容易找到。

丁越

对每一个反应物、过渡态、产物分别建立目录，所以对反应物A,产物B的目录命名就是A，B，对应过渡态目录命名就是A2B

乐平

看你用什么软件
Gaussian的话，可以只用一个项目文件夹。因为Gaussian的输入文件只有一个，输出文件也是独立的，名字就按反应物，过渡态，中间体，产物的名称命名就行。如果想后处理绘图的时候方便，可以在名字前面添加序号，这样用脚本抓取能量的时候也能按文件名的顺序做成表格，后续整理数据、绘图也更方便。

VASP的话，由于输入文件有四个，且名称是固定的 INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINTS，无法区分具体算的是什么物质，只能在项目文件夹下面分别再建立各个反应物，过渡态，中间体，产物名称的子文件夹，在子文件夹里放上述四个输入文件。同理，如果想后处理绘图的时候方便，可以在子文件夹的名字前面添加序号，这样用脚本抓取能量的时候也能按文件名的顺序做成表格，后续整理数据、绘图也更方便。

Graphite

看具体的输入、输出文件的名称特征和系列工作的逻辑关系。
有些软件，输入molecule.inp就必然得到molecule.out, molecule.xxx，那其实无所谓建或不建molecule文件夹。一系列工作可以按照逻辑分类或先后顺序分类。
某些软件类似system.xyz+settings.inp+analysis.out+ref.params，而且习惯上总是如此命名（大部分MD软件）。就非常有必要建立文件夹，此时文件夹的名称宜简明扼要地表示研究的问题。
其实本质上是如何分类的问题。比如，方法测试和批量计算两种思路下，很可能有就必要按照不同的方式整理分类，即使软件环境等相同。