Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法

xpyp · 发表于 Post on 2015-7-30 21:04:52

是gmx, 若mpi和cuda默认没有后缀，那还能编译在同一个文件夹吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-31 00:45:23

xpyp 发表于 2015-7-30 21:04
是gmx, 若mpi和cuda默认没有后缀，那还能编译在同一个文件夹吗？

编译的时候有相应的选项可以指定加上什么后缀，区分开就可以放到同一个目录下

aioria · 发表于 Post on 2016-4-6 16:58:32

按照sob老师的方法安装了4.6.5版本，运行了一个算例，一些命令如grompp，genion ，genbox，editconf ，mdrun等命令都可以成功运行，但是查看轨迹用到ngmx命令，提示 ngmx: command not found，请问是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-6 19:59:39

aioria 发表于 2016-4-6 16:58
按照sob老师的方法安装了4.6.5版本，运行了一个算例，一些命令如grompp，genion ，genbox，editconf ，mdru ...

ngmx基本上没人用，界面特别恶心，功能很少，现在绝大多数人都用VMD来看轨迹。可能ngmx已经被去掉了吧。

tjuchan · 发表于 Post on 2016-4-22 11:00:48

本帖最后由 tjuchan 于 2016-4-22 11:03 编辑

sobereva 发表于 2015-7-30 09:38
你指的什么程序？gmx？

只有双精度版默认带_d后缀，其它两种默认没有后缀。

按照您说明，一步一步安装，但是总是在cmake最后一步卡主了。连虚拟机都卡住了，每次都这样。请问下这怎么解决了？我的步奏是：
0、提前安装cmake 3.5.2
1、解压gromacs5.0.7
2、mkdir build
3、cd build
4、cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/gmx/gmx
就卡住了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-22 17:15:35

tjuchan 发表于 2016-4-22 11:00
按照您说明，一步一步安装，但是总是在cmake最后一步卡主了。连虚拟机都卡住了，每次都这样。请问下这怎 ...

这个很诡异。
试试gromacs 5.1.1能否解决。

tjuchan · 发表于 Post on 2016-4-22 17:47:59

sobereva 发表于 2016-4-22 17:15
这个很诡异。
试试gromacs 5.1.1能否解决。

重新装了虚拟机，安装gcc gcc-c++ gcc-fortran cmake 按照您的步奏安装好gmx5了。关键是cmake和FFTW都没采用最新版本。

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-4 13:36:13

Sob老师，我在Ubuntu上按照教程安装完后，whereis gmx可以找到在哪，whereis 别的，比如pdb2gmx就找不到了。这样肯定是用不成的啊。我的gromacs装在了/home/username/gromacs-5.1.2下面

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-4 15:50:56

dark_cosmos 发表于 2016-7-4 13:36
Sob老师，我在Ubuntu上按照教程安装完后，whereis gmx可以找到在哪，whereis 别的，比如pdb2gmx就找不到了 ...

用gmx pdb2gmx，5.0开始一大堆工具都整合到gmx里头了，通过后面的参数决定用哪个

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-5 21:49:42

sobereva 发表于 2016-7-4 15:50
用gmx pdb2gmx，5.0开始一大堆工具都整合到gmx里头了，通过后面的参数决定用哪个

好的，谢谢Sob老师，没有注意到这个地方。Sob老师，我记得之前在manuals什么地方看到新版本中gromacs更改的命令一些命令，现在找不到了，请问老师还记得在哪么

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-6 03:25:44

dark_cosmos 发表于 2016-7-5 21:49
好的，谢谢Sob老师，没有注意到这个地方。Sob老师，我记得之前在manuals什么地方看到新版本中gromacs更改 ...

http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0
以前的大量工具现在都得加gmx前缀并去掉g_前缀

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-6 15:46:28

sobereva 发表于 2016-7-6 03:25
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0
以前的大量工具现在都得加gmx前 ...

嗯嗯，多谢Sob老师，就是这个地方。

whtu · 发表于 Post on 2016-12-17 13:32:57

1） cd build 执行完cmake以后不用返回上一层目录再进行后续的操作？
2）删除安装目录指的是删除build？
3）编译得到的单精度版本和双精度版本两者有什么区别？

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-17 14:32:06

whtu 发表于 2016-12-17 13:32
1） cd build 执行完cmake以后不用返回上一层目录再进行后续的操作？
2）删除安装目录指的是删除build？
...

1 不用。都在build下。官方的意图是确保不会把源代码搞乱
2 删除整个解压后的目录
3 一般都用单精度。仅在个别情况，诸如做振动分析、需要精确优化等情况才用双精度。

whtu · 发表于 Post on 2016-12-19 13:34:28

我的压缩包放在：/opt/Gromacs 下，root安装
1）tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz
2）mkdir build
3） cd build
4）cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Gromacs/gromacs-5.1.4
5）make -j
6）make install
完了以后，登录另一个用户，在用户的根目录下的.bashrc文件加入：export PATH=$PATH:/opt/Gromacs/gromacs-5.1.4/bin ，然后source .bashrc文件，接着在该用户下运行：mdrun -version ，提示：-bash: mdrun: command not found。我想问一下我是没有安成功还是配置错误？

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