Rocky Linux 9.3系统安装及Gromacs, Gaussian, xtb, ORCA, SVM等程序安装

欢乐多

Rocky Linux 9.3系统安装及Gromacs,Gaussian, xtb, ORCA, SVM等程序安装

前言

笔者曾撰写《Centos stream 9 安装Gromacs 2023.1（GPU加速版）教程》和《我对计算化学的探索——之复杂天然产物NMR和ECD计算程序安装》对Linux系统的软件安装进行了详细的介绍。笔者的电脑使用Centos stream 9一段时间后频繁死机，一个计算任务算开始一两个小时后，就无故死机，也没有找到系统报错日志，需要重启恢复，严重影响正常工作，估计Centos stream 9系统不完善导致(经过多次软硬件方面排查，比如进行主板、硬盘、CPU、内存等检查，装不同的Linux和Window，使用不同的gaussian 16 版本等，最后发现随机死机、蓝屏、黑屏等现象是由于内存条损坏导致，与系统及所安装的程序毫无关系)。 于是笔者决定换用Rocky Linux 9.3系统，并且重新安装日常工作所需要的软件，装上这些软件后就可以按照博文《chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算》的脚本进行计算。

以下是程序的安装细节和遇到的问题及对策，拿出来与大家交流学习，欢迎批评指正。

1  Rocky Linux 9.3系统安装前的准备1.1软硬件基础

两台电脑，一台单路16核的linux系统的电脑和一台普通的win系统笔记本。

单路16核电脑配置如下：

处理器：AMDRyzen™ 9 7950X 16-Core, 32-Thread Unlocked Desktop Processor

主板：GIGABYTEB650M AORUS Elite AX

处理器散热器：CoolerMaster Hyper 212 Halo Black CPU Air Cooler

显卡：ASUSTUF GeForce RTX® 4090 OC Edition Gaming Graphics Card

内存：CORSAIRVENGEANCE DDR5 RAM 64GB (2x32GB) 5200MHz C40-40-40-77

硬盘：SeagateIronWolf Pro 8TB Enterprise NAS Internal HDD Hard Drive – CMR 3.5 Inch SATA6Gb/s 7200 RPM 256MB Cache for RAID Network Attached Storage, Rescue Services -FFP (ST8000NTZ01)

电源：SeasonicFOCUS GX-1000

机箱：Corsair4000D Airflow Tempered Glass Mid-Tower ATX PC Case – Black

1.2 制作Rocky Linux 9.3系统系统安装U盘1

在win系统电脑上下载Rocky Linux 9.3文件https://rockylinux.org/news/rocky-linux-9-3-ga-release/， 在Win系统中用Image Writer制作 Rocky Linux 9.3的U盘1。制作完成，win系统不能识别U盘1，如果使用U盘1，笔者会在Mac系统上进行格式化。制作 Rocky Linux 9.3的U盘1耗时10 min。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image002.jpg

1.3 单路16核电脑硬盘的数据备份

对原来的16核电脑硬盘上的重要的数据转移出来，特别是一些软件和脚本比较重要。因为之后这些数据都会被抹去，很难恢复。因此请斟酌装机。

1.4 单路16核电脑硬盘的空盘操作

用网上购买的Win系统U盘2，插入单路16核电脑，开机按delte键，进入主板面板，不用设置主板的优先启动顺序，因为，安装好系统后还得再调回来，因此多此一举。进入save&exit界面，其中partition 1是centos的引导系统文件。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image004.jpg

选partition 2直接进入该U盘2的系统。以便对16核单路电脑的硬盘进行空盘操作。即是删除硬盘数据，恢复到原始空闲状态。因此，请转移出有用的数据和脚本。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image006.jpg

一般网上买的系统U盘2里面比较全面，会提供一个硬盘的分区，格式化软件，打开DiskGenius V4.9.3软件，对8T的机械硬盘删除分区，弄成空闲，以待安装RockyLinux 9.3。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image008.jpg

完成后，关机拔出U盘2，待新系统装入。

2  对16核电脑系统安装

以上两个备齐，将制作的Rocky Linux 9.3的U盘1插入16核电脑，开机按delete键，进入RockyLinux 9.3 系统的安装界面。如果您用ultro制作 Rocky Linux 9.3的U盘，容易路径不明，需要修改指定文件，见《我对计算化学的探索——之复杂天然产物NMR和ECD计算程序安装》。而Image Writer制作的系统盘不存在此问题。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image010.jpg

进入U盘1时，出现如下界面，进行安装。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image012.jpg

2.1 分区和安装

注意在分区时，我的16核电脑是8T硬盘，准备留2T以备其他用，在安装RockyLinux 9.3系统按照如下分区感觉非常能满足自己工作需要。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image014.jpg

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image016.jpg

Rocky Linux 9.3系统软件和数据库的选择如下，如果所安装的是Custom Operating System的Linux 版本，修改相应的文件就会禁用系统自带的显卡驱动，如果安装的是Server 或者Server with GUI，需要多处修改相应的文件才能禁用系统自带的显卡驱动，笔者尝试，这些版本区别不大，都能正常运行所用的计算程序。Custom Operating System的Linux 版本安装较快，7min安装完成，Server 或者Server with GUI安装需要10min.

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image018.jpg

设定好用户密码，以及系统支持语言后，开始安装系统。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image020.jpg

之后等待约20分钟。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image022.jpg

安装完成，重启，拔出U盘1，正常的话就进入系统了。

2.2 系统设定

系统设定为不休眠状态。其他设置基本不用动。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image024.jpg

对系统进行更新

1. yum -y update

复制代码

将会更新系统内核

1. rpm -qa | grep kernel

复制代码

显示不同的系统内核，在安装NVIDAI时需要删除旧的内核

1. yum remove -y kernel-devel-5.14.0-362.8.1.el9_3.x86_64
   
2. yum remove -y kernel-core-5.14.0-362.8.1.el9_3.x86_64
   
3. yum remove -y kernel-modules-5.14.0-362.8.1.el9_3.x86_64
   
4. yum remove -y kernel-5.14.0-362.8.1.el9_3.x86_64
   

复制代码

安装邮箱

1. sudo dnf install -y s-nail

复制代码

编辑文件

1. vi /etc/s-nail.rc

复制代码

加入以下内容

1. # 设置需要添加的内容
   
2. config_content=$(cat <<EOF
   
3. set v15-compat
   
4. set from=22785502*9@qq.com
   
5. set mta=smtp://2278550259%40qq.com:atodvkdvanjaebaf@smtp.qq.com smpt-use-starttls
   
6. set smtp-auth=login
   
7. EOF
   
8. )

复制代码

发邮件的命令

1. echo " Normal termination of Gaussian 16" | mail -s "G16" jin@163.com
   

复制代码

注意，2023年的电脑，主板和CPU较新，装不上Centos 7.6，将会出现如下报错，

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image026.jpg

自此新系统安装完成，这是我花了一下午时间进行了安装。

2.3 Win系统mobaXterm 软件使用

linux系统安装成功后，一般笔者习惯在win系统用mobaXterm 软件远程连接linux系统，这样基本所有的shell命令和文件的查看，只需在win系统上进行操作，非常方便。因此以下所有的操作及文件的传输都是在mobaXterm 软件中进行。笔者对mobaXterm的字体大小、快捷键及背景颜色进行了修改。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image028.jpg

上图显示界面非常好用，简单明了，左边是shell命令窗口，右边是Linux系统中的文件，使得Linux的单纯的命令不再那么抽象，对于一些文件双击就可以打开，MobaXterm真正做到了让Linux的win化。还可以设定默认打开某些文件的程序，像~/.bashrc经常编辑修改，因此可以设定用功能强大的文本编辑器UltraEdit软件打开，修改保存都及其方便。

3 对python的探索
由于很多计算结果的处理会用到Python脚本，因此有必要安装一下。svm需要module python，额外安装的3.7好编写module python文件，容易找到lib和bin目录。
3.1. 查看是否已经安装Python

Rocky Linux 9.3 默认安装了python 3.9

使用 python -V 命令查看一下是否安装Python

然后使用命令 which python 查看一下Python可执行文件的位置

可见执行文件在/usr/bin/ 目录下，切换到该目录下执行  

1. ll /usr/bin/python*  

复制代码

命令查看

python 指向的是python 3

python3 指向的是python 3.9

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image030.jpg

因为我们要安装python 3.7版本，所以python要指向python3.7才行，目前还没有安装python3.7，先备份，备份之前先安装相关包，用于下载编译python3

1. yum install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-develsqlite-devel readline-devel tk-devel gcc make

复制代码

然后备份

1. mv /usr/bin/python /usr/bin/python.bak

复制代码

mv /usr/bin/python3.bak /usr/bin/python3 (备用)

3.2 开始编译安装python3

去官网下载编译安装包或者直接执行以下命令下载

解压

1. tar -xvJf Python-3.7.12.tar.xz

复制代码

切换进入该文件内，进行编译安装

1. ./configure prefix=/usr/local/python37
   
2. make -j && make install

复制代码

安装完毕，/usr/local/目录下就会有python3了

因此我们可以添加软链到执行目录下/usr/bin

1. ln -s /usr/local/python37/bin/python3 /usr/bin/python

复制代码

可以看到软链创建完成

测试安装成功了没，执行

python -V  看看输出的是不是python 3.7的版本

执行python3 -V  看到的就是python3.9的版本

3.3 修改相关文件

因为执行yum需要python3.9版本，所以我们还要查看yum的配置，执行：

1. vi /usr/bin/yum

复制代码

看到#!/usr/bin/python3.9

因此不用修改

Rocky Linux 9.3中没有/usr/libexec/urlgrabber-ext-down 文件，因此不用修改。

这样python3.7版本就安装完成；同时python3.9也存在

配置环境变量，执行vim/etc/profile，打开配置文件，添加如下配置：

1. vim /etc/profile

复制代码

编辑，在最后一行加上

1. PATH=/usr/local/python37/bin:$PATH
   
2. export PATH

复制代码

3.4卸载pyhton3

•注意卸载的时候python后跟的3，若什么都不跟的话，会全部删除

1. rpm -qa|grep python3|xargs
   
2. rpm -ev --allmatches --nodeps

复制代码

删除所有残余文件

1. whereis python3 |xargs rm -frv

复制代码

查看现有安装的python

1. whereis python

复制代码

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image031.png

3.5 修改相关文件

博文《chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算》的python脚本所需数据库进行安装

1. python -m pip install numpy pandas

复制代码

4. module的编译安装设置及SVM的安装

2023年厦门大学吴安安教授课题组提出计算天然产物碳谱NMR方法SVM-M（https://github.com/Anan-Wu-XMU/SVM-M），该方法选择了近五年的四五百个复杂的天然产物，通过特别的优化计算机组，确定他们的相对构型，研究显示，SVM-M方法优于目前的DP4, DP4+, DP4-AI, DP5等，值得我们在确定天然产物的相对构型走投无路时一试。SVM-M方法会用到environment module这个类似aconda的软件，所以需要安装。

4.1 module安装

1. yum install tcl tcl-devel

复制代码

可尝试yum install environment-modules，若不行，进行手动安装。

1. tar -zxvf modules-5.3.1.tar.gz
   
2. cd modules-5. 3.1
   
3. ./configure --prefix=/usr/local/Modules \
   
4. --modulefilesdir=/usr/local/Modules/modulefiles
   
5. make && make install

复制代码

4.2  module安装后的识别操作

本次安装过程中，主要问题是认证的问题，能够成功安装，但是python文件不识别。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image033.jpg

1. ln -s /usr/local/Modules/init/profile.sh/etc/profile.d/module.sh
   
2. ln -s /usr/local/Modules/init/profile.csh/etc/profile.d/modules.csh

复制代码

因此参考的别人的博文中/etc/profile.d/modules.sh这个软链接，或者说快捷方式应该是/etc/profile.d/module.sh。

1. vi ~/.bashrc

复制代码

在环境变量.bashrc中加入

1. source /usr/local/Modules/init/bash
   
2. export MODULEPATH=/usr/local/Modules/modulefiles:\$MODULEPATH

复制代码

对于Centos 9 和7.6 可以不加入第二行，能够正常识别Python，而Rocky Linux 9.3 不加第二行的一句话，就不会识别python，当时一直怀疑是Python文件的问题，反复修改均不行，经过多次搜索网上相关安装教程，多次尝试，终于发现关键的第二行的环境变量设定，成功实现module正常导入Python功能。因此，第二行的添加内容是Rocky Linux 9.3 中module联用python的关键点。

1. source ~/.bashrc

复制代码

在vi /etc/profile中加入

1. source /usr/local/Modules/init/profile.sh

复制代码

然后，运行下面命令

1. source /etc/profile.d/module.sh

复制代码

之后就OK拉

4.3 module 和python连用设置
在modulefiles文件夹中新建一个Python文件

1. vi /usr/local/Modules/modulefiles/python
   

复制代码

加入下面的东西，保存并退出

1. #%Module
   
2. set python_version 3.7.12
   
3. set python_home /usr/local/python37
   
4. proc ModulesHelp { } {
   
5.    puts stderr "Sets upthe environment for Python $python_version"
   
6. }
   
7. module-whatis "Sets up the environment for Python$python_version"
   
8. setenv PYTHON_VERSION $python_version
   
9. prepend-path PATH $python_home/bin
   
10. prepend-path LD_LIBRARY_PATH $python_home/lib

复制代码

4.4 成功

运行

1. module avail

复制代码

就会显示我们刚刚编辑保存的Python文件，说明安装成功，Python被module成功加载。

注：一些有用的命令

1. ll /etc/profile.d/module*
   
2. module avail
   
3. module load python
   
4. module purge
   
5. set           # 设置modulefile内部的变量
   
6. setenv        # 设置环境变量
   
7. prepend-path  # 效果类似于export PATH=xxx:$PATH
   
8. append-path   # 效果类似export PATH=$PATH:xx

复制代码

4.5 SVM-M的安装使用见https://github.com/Anan-Wu-XMU/SVM-M

笔者使用的单机版，因此不需要使用其中的q16程序。

对于单机版的SVM-M需要将autonmr.sh脚本中

1. q16 $queue $a > /dev/null 2>&1

复制代码

修改为

1. g16 $a.com > $a.log

复制代码

autonmr.sh脚本中多处类似情况均需要修改。如果您使用集群计算，pbs任务管理系统就不需要修改，但是q16还需要安装intel 和mkl数据库，然后用module加载intel 和mkl数据库，具体加载方法可参考module加载python。

5 Rocky Linux9.3 上NVIDIA的安装

安装NVIDIA是为了在GPU显卡上运行Gromacs。如果您机器上没有额外的显卡，不需要使用加速，就没有必要安装NVIDAI和后文中CUDA，直接进行安装Gromacs就行。

5.1 禁用默认的驱动程序

首先查看默认的驱动程序

1. lsmod | grep nouveau

复制代码

就会出来几行信息，接下来就是禁用这种默认的驱动程序，

1. vim /usr/lib/modprobe.d/dist-blacklist.conf

复制代码

#编辑该文档

1. # blacklist nvidiafb  #注释该行
   
2. blacklist nouveau  #添加此行
   
3. options nouveau modeset=0 #添加此行

复制代码

保存退出此文档，编辑第二个文档

1. vi /etc/default/grub

复制代码

#编辑该文档

1. GRUB_CMDLINE_LINUX="crashkernel=1G-4G:192M,4G-64G:256M,64G-:512Mresume=/dev/mapper/cs_tjgpu-swap rd.lvm.lv=cs_tjgpu/rootrd.lvm.lv=cs_tjgpu/swap rhgb quiet rd.driver.blacklist=nouveaunouveau.modeset=0"

复制代码

#其中一行信息添加rd.driver.blacklist=nouveaunouveau.modeset=0，就是开机时按e键进行编辑的那个文档。保存退出。运行以下

1. grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg

复制代码

#使修改生效

重启机器，如果所安装的是Custom Operating System的Linux 版本就会禁用成功，如果安装的是Server 或者Server with GUI，就不会禁用成功，需要进行如下操作：

运行如下命令，这些命令还不理解具体含义，尝试操作就行

1. mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname-r).img.bak
   
2. dracut /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
   
3. systemctl set-default multi-user.target

复制代码

重启，应该能够禁用成功，即使显示器连接机器，此时Linux的图形界面是没有的，只有命令行的界面。待所有软件安装成功，想要尝试图形界面的话，以下两个命令是开启和关闭图形界面的命令，可留存备用。

1. systemctl stop gdm.service
   
2. systemctl start gdm.service

复制代码

再次运行lsmod | grep nouveau命令就没有信息弹出，说明禁用默认网卡成功。

5.2 NVIDIA驱动的安装

Win系统下下载最新的NVIDIA驱动NVIDIA-Linux-x86_64-545.29.02.run文件https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/210649/en-us/，上传至Linux系统

1. chmod +x *

复制代码

#增加权限

安装基础依赖

1. yum update
   
2. yum install kernel-devel kernel-headers -y
   
3. yum list | grep kernel-devel

复制代码

若出现内核不一样的地方，会出现如下报错，

1. ./NVIDIA-Linux-x86_64-525.116.04.run

复制代码

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image035.jpg

适当修改如下

查看kernel不一样的地方

1. rpm -qa | grep kernel
   
2. rpm -aq | grep kernel-devel

复制代码

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image037.png

将不一样的删除之

1. yum remove kernel-5.14.0-362.el9.x86_64
   
2. yum remove kernel-modules-core-5.14.0-362.el9.x86_64

复制代码

查看是否删除成功

1. ls /usr/src/kernels

复制代码

如果不删除，即使指定路径也不行，比如

1. ./NVIDIA-Linux-x86_64-535.129.03.run \
   
2. --kernel-source-path=/usr/src/kernels/5.14.0-378.el9.x86_64

复制代码

当kernel内核一致，NVIDIA旧版本完全删除，就可以正常安装了，会出现以下界面：

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image039.jpg

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image041.jpg

此次笔者均选择no, 不按装32-位的库，不进行自动更新。

安装过程出现如下弹窗均是正常：

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image043.jpg

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image045.jpg

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image047.jpg

此处选的yes。

最后安装成功会有如下提示

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image049.jpg

运行nvidia-smi命令会有如下提示：（如果在计算过程中，每隔10s实时监测GPU使用情况，输入命令：watch -n 10 nvidia-smi）

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image051.jpg

说明安装成功。对于新装的系统，--kernel内核是一致的，对于出现不一致的提示，按照网上教程修改即可（https://cloud.tencent.com/developer/article/1879466）。

虽然此时，NVIDIA的信息显示CUDAVersion:12.3，但是机子上并没有真正有CUDA的功能，如果你去安装GPU加速版Gromacs2024.0并不成功，能成功的只是不加速的普通版。当你按照官方手册安装Gromacs2024.0时，在cmake步骤中不用-DGMX_GPU=CUDA（GPU加速）选项，也能顺利安装完成，此时查看版本信息，用命令gmx -version, 可以看到GPUsupport是disabled状态，说明是普通版。因此，想要实现GPU加速版Gromacs2024.0还需要进行额外CUDA的安装。

5.3 NVIDIA注意事项

刚开始时笔者安装NVIDIA-Linux-x86_64-535.154.05.run，

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image053.jpg

发现安装cuda_12.3.2_545.23.08_linux.run虽能成功，并且Gromacs2024.0也能成功安装，显示也是CUDA，但并不能实现加速作用。因此笔者想到cuda 545.23.08版本过高，与NVIDA 535.154不配，于是想找对应的版本，https://www.nvidia.com/download/index.aspx，

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image055.jpg

发现还是535.154.05版本，在尝试new featurebranch时，发现545.29.02版本。想到还是与cuda_12.3.2_545.23.08_linux.run不完全一致，十分怀疑两者是否相配，抱着试试看的态度，进行尝试，最后发现两者适用，非常高兴，感觉获得了非常意外的惊喜，才发现原来NVIDIA 和CUDA在大版本都是545的就行，小版本.29.02与23.08不一致也可以。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image056.png

由于安装过535，再次安装545出现如下

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image058.jpg

因此，需要将535完全卸载，删除。才能成功安装545.

1. yum remove nvidia-*
   
2. rpm -qa|grep -i nvid|sort
   
3. yum remove kmod-nvidia-*
   
4. yum -y remove cuda-*
   
5. yum remove “*cublas*” “*cuda*”
   
6. rm -rf /usr/local/cuda*   
   
7. nvidia-uninstall
   
8. /usr/local/cuda/cuda-uninstaller

复制代码

5.3  CUDA12.3安装

笔者尝试cuda_12.3.2_545.23.08_linux.run安装，虽然NVIDIA-Linux-x86_64-545.29.02.run不能完全匹配，但是都是545的大版本，因此可以放心安装。如果不安装CUDA, 那么Gromacs能够安装成功，并不能实现加速，笔者的4090的显卡，加速效果比较明显，若不加速运行2小时的任务，使用GPU加速2分钟就能完成。

笔者选择最新版的CUDA12.3进行安装，过程比较简单，谷歌搜索CUDA 12.3,去网页下载最新的CUDA12.3， win 下载如下图7（https://developer.nvidia.com/cud ... _type=runfile_local）。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image060.jpg

Liunx界面操作的话，进入一个你的常用目录，直接输入以下命令，

1. wgethttps://developer.download.nvidi ... 545.23.08_linux.run
   
2. chmod +x *
   
3. ./cuda_12.3.2_545.23.08_linux.run

复制代码

安装过程会提示是否接受协议，输入accept进入下一步，还提示选择哪些需要安装的套件，由于Driver已经安装，因此，去掉此选项，按Enter键进行选择或不选择。进行安装，主要参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/122286055。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image062.jpg

安装完成后屏幕提示设置环境变量：

1. vi ~/.bashrc

复制代码

加入如下两行

1. export PATH="/usr/local/cuda-12.3/bin:$PATH"
   
2. export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-12.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"

复制代码

重新加载环境变量，

1. source ~/.bashrc

复制代码

查看CUDA12.3是否安装成功，弹出信息说明安装成功。

nvcc -V #注意要大写

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image063.png

此信息说明安装完成。

而此时运行

1. nvidia-smi

复制代码

也会有NVIDIA弹出

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image064.jpg

说明两者均安装成功。

注：笔者之前NVIDIA用的535，安装cuda用的545两者不配，需要安装cuda自带的driver才能成功安装cuda, 但是这种强行安装cuda自带的driver后，nvidia-smi就不能用了。因此使用相匹配的NVIDIA 545版本和cuda 545版本是成功的关键。

6  Rocky Linux 9.3安装GPU加速版Gromacs2024.0

辅助Gromacs 2018.8的安装参考http://sobereva.com/457

6.1基础库文件FFTW的安装

Rocky Linux 9.3系统的cmake, gcc和g++对于Gromacs2024.0都兼容，使用默认的就行，不用担心不兼容情况，最好不要刻意去更改。

FFTW库可以按照社长博文http://sobereva.com/457进行安装，笔者认为，FFTW库提前安装Gromacs2024.0并非必须的，因为官方安装指导原文https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html指出在编译过程若需要会自动下载该库。笔者认为，对于如果硬件、系统、驱动、和软件都相对较新，这些库不用担心不兼容。

6.2  基础依赖cmake安装

首选安装方法

GROMACS 2018需要系统里有cmake 3.x才能编译。Rocky Linux 9.3自带的cmake版本太老，因此需要先装cmake 3.x。

首先运行以下命令，添加EPEL源

1. yum install epel-release

复制代码

然后在终端里输入yum install cmake3即可下载和安装cmake包，遇到提示的时候都输入y。之后输入cmake3 /V命令，如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。

注1：如果用yum的时候出现乱七八糟的提示安装不了，把操作系统重启一下往往就好了。

1. ./bootstrap --prefix=/root/soft/cmake3 -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF

复制代码

另一种安装方法

下载https://cmake.org/download/

cmake软件包，解压，进入目录，用如下进行安装

1. ./bootstrap --prefix=/usr --datadir=share/cmake --docdir=doc/cmake&& make
   
2. make install
   
3. cmake -version

复制代码

6.3安装GPU加速版Gromacs2024.0

可以用win系统下载Gromacs2024.0软件包，然后上传Linux，进行安装。

也可以Linux命令行进行下载，进入你的软件安装常用目录，在命令终端，复制粘贴以下命令：

1. wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.0.tar.gz
   
2. tar xfz gromacs-2024.0.tar.gz
   
3. cd gromacs-2024.0
   
4. mkdir build
   
5. cd build

复制代码

cmake   ..（上一级目录）    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx_GPU_2023.1（指定你要安装到哪个文件夹里，若不指定会按照到默认目录里）         -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON（是否用FFTW库） -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON（如果需要自动下载功能）     -DGMX_SIMD=AVX2_256（512指令集）     -DGMX_GPU=CUDA（GPU加速）  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.1（CUDA路径）

笔者安装了不同的版本

1. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/root/soft/gmx_GPU_2024.0-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_SIMD=AVX2_256-DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.3
   
2. 
   
3. make -j  &&  make -j check &&  make install

复制代码

笔者在make时没有加-j，只用单核进行编译，大概花费20分钟左右完成安装，有兴趣的同学可以试试加-j，多核是否更快，应该也不会出现啥问题。安装完成，接下来添加环境变量吧。

1. vi ~/.bashrc

复制代码

加入

1. #source /sob/gmx2024.0/bin/GMXRC      #笔者也安装了普通版，以进行按需更换，对比速度
   
2. export GMX_MAXBACKUP=-1                 #运行之后对旧文件不进行备份，不产生带#的文件
   
3. source /root/soft/gmx_GPU_2024.0/bin/GMXRC

复制代码

重新加载环境变量

1. source ~/.bashrc

复制代码

查看一下GPU加速版Gromacs2024.0信息, 用如下命令

gmx -version, 可以看到GPUsupport是CUDA状态，说明是GPU加速版。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image066.jpg

跑一个《Centosstream9 安装Gromacs2023.1（GPU加速版）体验》中的例子，速度很快。

file:///C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image068.jpg

成功安装。

7 xtb的安装参考http://sobereva.com/421

笔者使用的XTB版本 xtb-200527.tar，可下载crest crest_01.tgz (7.37 MB, 下载次数 Times of downloads: 16)

2024-2-8 13:56 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

, 改名为crest.tgz，

解压crest命令，将解压后的文件放入xtb文件夹，给以权限，就可运行。

1. tar zxvf crest.tgz

复制代码

8 Molclus安装参考：http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
9 gaussian安装参考：http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
10 ORCA 的安装参考：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=11697&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D11%26digest%3D1

1. ./configure --prefix=/usr/local/openmpi
   
2. ./configure --prefix= /root/soft/openmpi411--disable-builtin-atomics

复制代码

11 Multiwfn在Linux下安装的中文说明：http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html
12 Shermo的安装参考：http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

1. unzip Shermo_2.5.zip  -d Shermo_2.5

复制代码

13  Gaussian的安装方法及运行时的相关问题参考：http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

使用Gaussian时的几个实用脚本和命令http://sobereva.com/258

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法http://sobereva.com/612

14 分享一下我的环境设置：

环境变量设置，在CentOS stream 9和Rocky Linux 9.3都一样，

1. # .bashrc
   
2. export PATH="/usr/local/cuda-12.3/bin:$PATH"
   
3. exportLD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-12.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"
   
4. 
   
5. export GMX_MAXBACKUP=-1   
   
6. source /root/soft/gmx_GPU_2024.0/bin/GMXRC
   
7. 
   
8. export g16root=/root/soft
   
9. export GAUSS_SCRDIR=/root/soft/g16/scratch
   
10. source /root/soft/g16/bsd/g16.profile
    
11. export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
    
12. 
    
13. export PATH=$PATH:/root/soft/xtb/bin
    
14. export XTBPATH=/root/soft/xtb/share/xtb
    
15. export OMP_NUM_THREADS=12
    
16. export MKL_NUM_THREADS=12
    
17. export OMP_STACKSIZE=1000m
    
18. ulimit -s unlimited
    
19. 
    
20. #ORCA
    
21. export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin
    
22. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib
    
23. export PATH=$PATH:/root/soft/orca504
    
24. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/soft/orca504
    
25. alias orca='/root/soft/orca504/orca'
    
26. export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
    
27. export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1
    
28. 
    
29. export PATH=$PATH:/root/soft/Shermo_2.5
    
30. export Shermopath=/root/soft/Shermo_2.5
    
31. 
    
32. ulimit -s unlimited
    
33. export OMP_STACKSIZE=2000M
    
34. export Multiwfnpath=/root/soft/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux
    
35. export PATH=$PATH:/root/soft/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux
    
36. 
    
37. source /usr/local/Modules/init/bash
    
38. export MODULEPATH=/usr/local/Modules/modulefiles:\$MODULEPATH

复制代码

15 总结

经过三天业余时间的系统和软件的探索，将常用的软件都安装上了。这些软件装好后，就可以按照《chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算》的脚本进行计算，不管你有多少新的天然产物分子、多少构型、多少构象，都可以一键轻松进行他们的NMR和ECD图谱计算，并且提前输入我们的实验结果，脚本自动进行计算与实验的对比，直接给出各个构型的得分，得分高者即是我们的计算判定构型。有了以上教程，我相信也希望任何天然产物研究者都不会在计算方面有啥困难的地方。

就现在来说，安装软件，没有特别大的挑战性了，也不想去挑战了，遇到实在装不上的软件都跳过去了。期间也正常上下班，对于那些装不上的软件，也不在引起内心很大的波澜。因为我相信总要能装上呢，即使装不上，也就装不上了，也没有什么了不起的，想起以前刚学习软件安装时，遇到一个软件装不上，急得我吃不下，睡不香的，有时候甚至熬夜通宵奋战，而现在就完全不至于。就是普普通通的安装，有问题去慢慢搜索相关的安装方法，搜索的多了自然就能走通，我们还要敢于尝试，不怕失败。期间还不能忘了，适当休息，活动活动，放松放松。这次安装给笔者最深的感受就是，对于系统及软件的安装慢慢由刚学习，刚入门时的痛苦变成了现在的享受，不就是装个软件么，有啥了不起的。真理越辩越明，软件越安装越熟练，熟练安装后就再也不用怕软件崩溃，死机等诸多问题了。

最后，附上本文所需要的文件链接：https://pan.baidu.com/s/1KQpZaGucNmgoY_KYbHzH8Q?pwd=j41h

提取码：j41h ，所有程序安装成功后，其中包含了运行《chatGPT辅助生成molclus懒人脚本：一键完成对复杂天然产物NMR和ECD计算》的脚本的例子。

另外，附上安装的脚本 runall.sh (5.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2024-3-19 06:33 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

和环境设置 .bashrc (1.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

2024-3-19 06:33 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

，脚本中命令进行复制粘贴就行，使用脚本中命令对以上程序的进行安装，安装过程将会非常方便。

丁越

我补充几点：
1. 使用MobaXterm的时候建议使用密钥认证登录服务器端，而是不是密码登录。可以在Windows的DOS窗口或者是服务器端用ssh-keygen命令产生私钥和公钥，公钥放到服务器家目录下的.ssh下，私钥放到Windows的用户\用户名\.ssh目录下。并且在服务器端把/etc/ssh/sshd_config文件中密码登录设置为no (即PasswordAuthentication no)。MobaXterm中在Advanced SSH setting中把use private key勾选上，并且把相应私钥填进去。

2. python的使用不建议用源码安装，推荐使用Anaconda，也不要装miniconda，Anaconda中该有的基本包都有，省得你用miniconda时再去一个一个安装所需的包。使用Anaconda的最大好处是做到了软件环境的隔离，因为不同的包需要的python解释器以及相关依赖的版本可能都不一样。做科学计算需要的包在conda-forge中基本都能找到，anaconda先添加conda-forge源（conda config --add channels conda-forge）后，然后安装时只需要conda create -n base_name -c conda-forge package_name 就可以了，非常方便。

3. 在Rocky-linux-9.3下安装较老版本的Gromacs可能会安装不上，比如我的Rocky-linux-9.2下安装Gromacs-2018.8时就编译不过去，可能是由于gcc版本较新的缘故。为了避免安装gcc带来的风险，下面是我制作的一个Dockerfile用于安装该版本的gmx，只需要建立一个空目录，把2018.8的源码包以及Dockerfile放到该目录下就行，然后执行命令：docker build -t gmx:2018.8 .

1. #Author: Yue Ding
   
2. #Usage: create an empty directory then copy the gromacs-2018.8.tar.gz and Dockerfile to this folder.
   
3. #       run command: docker build -t gmx:2018.8 .
   
4. 
   
5. FROM ubuntu:xenial-20181218
   
6. 
   
7. WORKDIR /opt/gromacs
   
8. COPY ./gromacs-2018.8.tar.gz ./
   
9. 
   
10. RUN apt-get -y update \
    
11.     && apt-get -y upgrade \
    
12.     && apt-get install -y cmake g++ gcc python3 && apt-get clean \
    
13.     && tar -zxf gromacs-2018.8.tar.gz \
    
14.     && cd ./gromacs-2018.8 \
    
15.     && mkdir build \
    
16.     && cd ./build \
    
17.     && cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs2018.8 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON && make -j16 install && make clean \
    
18.     && rm -rf /opt/gromacs/gromacs-2018.8.tar.gz opt/gromacs/gromacs-2018.8
    
19. 
    
20. ENV GMXBIN="/opt/gromacs2018.8/bin"
    
21. ENV GMXDATA="/opt/gromacs2018.8/share/gromacs"
    
22. ENV GMXLDLIB="/opt/gromacs2018.8/lib64"
    
23. ENV GMXMAN="/opt/gromacs2018.8/share/man"
    
24. ENV GROMACS_DIR="/opt/gromacs2018.8"
    
25. ENV LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/opt/gromacs2018.8/lib64"
    
26. ENV MANPATH="/opt/gromacs2018.8/share/man"
    
27. ENV PATH="/opt/gromacs2018.8/bin:$PATH"
    
28. ENV PKG_CONFIG_PATH="/opt/gromacs2018.8/lib64/pkgconfig"
    
29. 
    
30. ENV SHELL /bin/bash
    
31. ENV USER gmx
    
32. RUN useradd -m -s /bin/bash $USER \
    
33.         && chown -R gmx:gmx /opt/gromacs2018.8
    
34. USER $USER
    
35. ENV HOME /home/$USER
    
36. WORKDIR /home/$USER/Gromacs
    

复制代码

******2024.3.4注：原本的Dockerfile存在一些问题，进一步做了完善

欢乐多

丁越 发表于 2024-2-9 13:20
我补充几点：
1. 使用MobaXterm的时候建议使用密钥认证登录服务器端，而是不是密码登录。可以在Windows的D ...

非常感谢，我有空准备摸索一下如何使用docker

abin

仅供参考

https://blog.csdn.net/hpc4you/article/details/124325276

apptainer
singularity

jim

谢谢详细的安装说明，想请教楼主：
1、在9.3系统中，gromacs2024.0运行时GPU利用率最高能达到百分之几十？
2、为什么把python3.9装回3.7啊？
谢谢！

欢乐多

jim 发表于 2024-2-21 11:38
谢谢详细的安装说明，想请教楼主：
1、在9.3系统中，gromacs2024.0运行时GPU利用率最高能达到百分之几十？ ...

1, 显示30%
2，为了使用SVM，svm需要module python，另外安装的3.7好编写module python文件，容易找到lib和bin目录

niduhz

话说装系统时可选组件都选了什么有推荐吗

欢乐多

niduhz 发表于 2024-3-8 14:12
话说装系统时可选组件都选了什么有推荐吗

根据自己需要进行选择，我一般使用邮箱和计算，所以看着上面与之相关的都会选择。具体是否影响后期使用，感觉不是很大，后期如果软件或者系统需要，也会有相应的安装方法，不必担心。

niduhz

欢乐多 发表于 2024-3-9 06:28
根据自己需要进行选择，我一般使用邮箱和计算，所以看着上面与之相关的都会选择。具体是否影响后期使用， ...

好的，主要是这次重装系统之后装软件发现比之前那次少了好多依赖（所以问问，感谢楼主

欢乐多

niduhz 发表于 2024-3-9 10:05
好的，主要是这次重装系统之后装软件发现比之前那次少了好多依赖（所以问问，感谢楼主

Juncheng_Lei

楼主，你好。
请问一下rocky linux系统如何正确安装远程软件todesk吗？我尝试了很多次，安装todesk后都无法正常连接

欢乐多

Juncheng_Lei 发表于 2024-3-23 15:58
楼主，你好。
请问一下rocky linux系统如何正确安装远程软件todesk吗？我尝试了很多次，安装todesk后都无 ...

todesk软件没有用过，远程连接在同一个网上是通过SSH连接，不同的网络通过V*N再用SSH连接

Juncheng_Lei

欢乐多 发表于 2024-3-25 05:24
todesk软件没有用过，远程连接在同一个网上是通过SSH连接，不同的网络通过V*N再用SSH连接

好的，谢谢，主要是安装一个桌面端的~

nianbin

丁越 发表于 2024-2-9 13:20
我补充几点：
1. 使用MobaXterm的时候建议使用密钥认证登录服务器端，而是不是密码登录。可以在Windows的D ...

老哥 有没有amber的docker file

丁越

nianbin 发表于 2024-6-14 17:32
老哥 有没有amber的docker file

我没有啊，你看Dockerfile的内容就和自己编译程序写的参数一样，你自己稍微修改修改就行了。