ORCA算单点能SCF不收敛

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-21 21:31:06

Oliviaw 发表于 2024-2-21 14:17
defgrid3是只在能力计算的时候设置，还是说优化和频率也要统一用defgrid3呢？
如果是已经优化收敛的结构 ...

只要你有充分理由说明单点能加大格点的必要性大于你的opt freq计算加大格点的重要性，就可以只对单点能计算加大格点
必须读xyz，gbw可读可不读，当你的体系有不止一个可能的SCF波函数的时候必须读，其他情况下读gbw虽然能节约少许时间，但相比整个计算耗时而言极其小。gbw文件里虽然有结构信息，但程序一般不用

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-21 21:32:48

Oliviaw 发表于 2024-2-21 14:25
不知道18碳环的文章会不会探究lewis acidity/basicity和charge transfer?

我的体系还要讲不同金属配位 ...

酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexch ... -molecule/9482#9482
charge transfer必须区分是热诱导的电荷转移还是光诱导的电荷转移，是转移一整个电子还是转移远不到一个电子，以及你要计算的是电荷转移的难易程度还是电荷转移量还是其他的什么量。不同情况下计算方法是截然不同的

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-21 22:12:19

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:32
酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9480/is-it-po ...

网上说：The pKa measures the "strength" of a Bronsted acid. 这是质子酸。

我想计算的是lewis acidity，金属的酸性，和金属配合的共轭体系的酸性，是接受电子的能力。

请问Lewis acidity也可以计算吗？

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-21 22:18:55

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:32
酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9480/is-it-po ...

没有光和热的诱导。

是计算电荷转移相互作用，能定量吗？

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-21 22:26:35

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:31
只要你有充分理由说明单点能加大格点的必要性大于你的opt freq计算加大格点的重要性，就可以只对单点能计 ...

我暂时找不到理由来说明单点能加大格点的必要性大于opt freq的计算加大格点的重要性。

我是不是非得找到文献说明这个？

我只要计算结构具有一定的准确性就可以。是不是全部计算过程统一加大格点是个常用的方法？

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-21 23:06:48

Oliviaw 发表于 2024-2-21 22:12
网上说：The pKa measures the "strength" of a Bronsted acid. 这是质子酸。

我想计算的是lewis acid ...

有不同方式衡量
比如原子电荷、原子局部表面静电势平均值（multiwfn的定量分子表面分析功能可以计算）、下文说的LEAE、局部亲电指数
使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676（http://bbs.keinsci.com/thread-38416-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-21 23:09:07

Oliviaw 发表于 2024-2-21 21:25
不知道18碳环的文章会不会探究lewis acidity/basicity和charge transfer?

我的体系还要讲不同金属配位 ...

能量分解中的电荷转移项衡量了电荷转移（电子在片段间离域）造成的能量降低。有必要讨论的时候可以讨论。Multiwfn支持很多方式进行进一步分析，比如CDA、ETS-NOCV等等
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-21 23:11:44

Oliviaw 发表于 2024-2-21 22:26
我暂时找不到理由来说明单点能加大格点的必要性大于opt freq的计算加大格点的重要性。

我是不是非得找 ...

比如你优化的时候用对积分格点要求低的B3LYP-D3(BJ)，算单点时候用对积分格点要求高的M06-2X（特别是计算弱相互作用时），那么单点时候用更高档次的格点就说得过去。
如果是优化和单点用同样的泛函，积分格点档次不够时SCF不收敛，导致优化都没法做，那就自然得两个任务同时用更好的积分格点。

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-22 20:55:26

sobereva 发表于 2024-2-21 23:06
有不同方式衡量
比如原子电荷、原子局部表面静电势平均值（multiwfn的定量分子表面分析功能可以计算）、 ...

请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-22 21:15:32

Oliviaw 发表于 2024-2-22 13:55
请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

不需要范例。如果同一个分子不同位点的LEAE可比，那么你用一个极其长的烷基链把你要比较的两个分子A、B连起来，变成一个分子，那么这个分子的A、B两个部分的LEAE必定是可比的。进一步地，因为这个烷基链对Lewis酸性没有实质性影响，所以不加这个烷基链也是可以比的，也就是把A和B放在一起算，但是彼此离得很远，得到的LEAE也可以用来衡量Lewis酸性。进一步地，因为LEAE满足size consistency（由LEAE的定义式不难看出），所以把A和B单独算得到的LEAE也是可以用的。
不要一没有范例就不敢算了，要根据已有的范例，自己做逻辑推理，得知已有的范例是否能适用于原来的适用范围以外的情形。例如以上推理就说明，只要LEAE可以比较任意分子内部两个位点的相对Lewis酸性，那么LEAE必然可以比较两个不同分子的相对Lewis酸性

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-22 21:41:24

Oliviaw 发表于 2024-2-22 20:55
请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

提出较晚的LEAE目前没有ALIE流行，二者定义形式非常类似，ALIE的文章非常多，多看看分子间对比ALIE的例子

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-22 23:17:03

wzkchem5 发表于 2024-2-22 21:15
不需要范例。如果同一个分子不同位点的LEAE可比，那么你用一个极其长的烷基链把你要比较的两个分子A、B连 ...

我明白您的意思了，LEAE单独算的A和单独算的B是可以比较的。

Size consistency是说我只要保证单独计算A和单独计算B的时候软件设置一样，就能比较A和B吗？

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-22 23:23:31

sobereva 发表于 2024-2-21 23:09
能量分解中的电荷转移项衡量了电荷转移（电子在片段间离域）造成的能量降低。有必要讨论的时候可以讨论。 ...

请问如果是要比较两个类似分子，并且把两个片段分别分成两个类似的片段，我要对比两个分子对应的两个片段之间的总的位阻的大小，什么软件能算一个确切的数值？

两个片段之间轨道重合程度是不是可以用什么软件算出一个确切的数值？是能量分解分析的delta E_orbital吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-23 01:17:57

Oliviaw 发表于 2024-2-22 16:17
我明白您的意思了，LEAE单独算的A和单独算的B是可以比较的。

Size consistency是说我只要保证单独计算 ...

自己搜Size consistency，这是最基础的量化概念

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-23 01:52:53

Oliviaw 发表于 2024-2-22 23:23
请问如果是要比较两个类似分子，并且把两个片段分别分成两个类似的片段，我要对比两个分子对应的两个片段 ...

可以做基于量化的能量分解，看下文，片段间位阻作用体现在rep项里
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）
如果是弱相互作用范畴、可以被RDG等值面所展现，也可以用Multiwfn对RDG等值面内部区域进行积分进行一定程度考察，看Multiwfn手册4.200.14.1节

轨道相互作用和轨道重叠是两个概念，轨道之间有显著重叠是有明显轨道相互作用的前提而已。单纯考察两个片段各种单独计算的分子轨道之间的重叠程度可以用下文的方法
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163

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