ORCA中如何在AIMD计算中得到振动频率

Elusy · 发表于 Post on 2024-2-22 23:03:51

本帖最后由 Elusy 于 2024-2-22 23:09 编辑

各位老师好！

在测试AIMD的过程中想利用orca的分子动力学来generate normal mode。尝试了在keyword中加入freq，但计算结束后没有找到hessian后缀名的文件。想请教一下orca中是否可以直接通过动力学模拟结果获得振动频率？

谢谢！

以下是相关input，计算的体系是64个原子的有机共轭层状结构。

! UKS B3LYP def2-SVP AutoAux TightSCF DEFGRID3 MD freq

%pal
  nprocs 24
end

%TDDFT
  NROOTS  5
end

%md
  restart ifexists
  timestep 0.5_fs
  dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  dump force stride 1 format xyz filename "force.xyz"
  run 500
end

%maxcore 10000

%scf
  MaxIter 1000
end

%output
XYZFile true
end

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-22 23:11:01

AIMD计算频率和freq关键字计算频率的原理是截然不同的，freq关键字表示通过振动分析的方式算频率，而不能囊括其他算频率的方法。在AIMD输入文件里加freq关键字，得到的结果什么都不是。
先明确你的目的是generate normal mode，还是用AIMD算频率。AIMD算频率并不涉及normal mode

Elusy · 发表于 Post on 2024-2-23 00:06:24

wzkchem5 发表于 2024-2-22 23:11
AIMD计算频率和freq关键字计算频率的原理是截然不同的，freq关键字表示通过振动分析的方式算频率，而不能囊 ...

您好老师！

我想算的是general normal mode。网上搜索到的资料也是只看到aimd算红外光谱的，没有找到normal mode相关计算。请问一下如果是另外计算frequency的话能否利用aimd的结果呢？比如用它输出的force信息和trajectory这样。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-23 00:11:40

Elusy 发表于 2024-2-23 00:06
您好老师！

我想算的是general normal mode。网上搜索到的资料也是只看到aimd算红外光谱的，没有找到n ...

如果需要获得正则模式，必须做振动分析
对于只需要获得振动频率，原理上对极小点做振动分析或是跑AIMD之后做傅里叶变换都可以，后者耗时多得多得多，参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

Elusy · 发表于 Post on 2024-2-23 00:29:05

sobereva 发表于 2024-2-23 00:11
如果需要获得正则模式，必须做振动分析
对于只需要获得振动频率，原理上对极小点做振动分析或是跑AIMD ...

谢谢sob老师！

也就是说如果我希望利用AIMD计算振动频率，比较有效的方法是在AIMD中做结构优化找到能量变化极小点后再用这个结构单独做freq计算是吗？

好奇想再问一下，除了做傅里叶变换外可否利用aimd生成的force信息去构建hessian来对角化呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-23 01:25:19

Elusy 发表于 2024-2-22 17:29
谢谢sob老师！

也就是说如果我希望利用AIMD计算振动频率，比较有效的方法是在AIMD中做结构优化找到能 ...

你这里有很多基础常识错误
首先，以下两种方法都能算频率，但是两种方法彼此之间毫无关系
（1）用AIMD跑一段动力学轨迹，计算autocorrelation function，做傅里叶变换，从中提取出频率信息
（2）优化结构，得到极小点结构，做振动分析，得到Hessian，对角化Hessian得到normal mode和频率
因为这两种方法毫不相关，所以你提的很多事情都是不可能办到的。首先做freq计算不需要也不能用AIMD的结果；其次不存在“在AIMD中做结构优化”；再其次AIMD得到的force信息不能用于构建Hessian矩阵（或许可以用来粗略估算Hessian，但没有意义，因为比数值频率还慢、精度还低，不如做数值频率计算）。
网上有的资料专讲怎么用AIMD算频率，不提振动分析的事情；有的资料专讲如何用振动分析算频率，不提AIMD的事情。应当意识到这是两种方法，而不是同一个方法的两个部分，不能学混了

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-23 01:47:01

Elusy 发表于 2024-2-23 00:29
谢谢sob老师！

也就是说如果我希望利用AIMD计算振动频率，比较有效的方法是在AIMD中做结构优化找到能 ...

我怀疑你对一些基本概念还比较含糊
建议看看此文
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

Elusy · 发表于 Post on 2024-2-23 13:30:42

wzkchem5 发表于 2024-2-23 01:25
你这里有很多基础常识错误
首先，以下两种方法都能算频率，但是两种方法彼此之间毫无关系
（1）用AIMD ...

明白了，谢谢wang老师的指教，我下来再多看看！

Elusy · 发表于 Post on 2024-2-23 13:31:16

sobereva 发表于 2024-2-23 01:47
我怀疑你对一些基本概念还比较含糊
建议看看此文
辨析计算化学中的任务类型和理论方法

太感谢了sob老师，看完受益匪浅！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[ORCA] ORCA中如何在AIMD计算中得到振动频率