公社群聊Q&A整理：2016.10.18 06 ~ 2016.10.21 00 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-10-27 20:09:51

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2016.10.18 05:04:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
@ Ye 'S NBO plot输入文件有毛病。用最新版Multiwfn，如果还这样就把.31和.37以及高斯输入文件发给我
用savenbo得到的fchk文件的NBO轨道在保存时会重排，高斯输出文件末尾会有提示，博文里也说了怎么看对应关系
----------------------------------------------------
2016.10.18 05:06:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
直接进入那个功能里一按0不就立刻产生图片了
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2016.10.18 05:07:08
Q:
老师什么是玻尔兹曼加权平均，用每项所占的百分比加在一起作为分母吗？
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
把每个构象的曲线乘上比例因子加权平均
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2016.10.18 05:10:04
Q:
[图片]图中黄色为电荷耗尽区。请问大家，为什么中间没有电子啊。表示形成共价键了吗？
共价键的话，不是应该有电子吗？
这是差分电荷密度图。
A:
看看正负号弄错没有
Q:
哦我刚才检查一遍，没有弄错。
我是用的软件没有的功能，用公式算，再画出来的。
我再好好检查一遍。
Sob老师，如果我没有弄错，这图合理吗？键长度为共价键。
A:
原理上难以说通
Q:
哦我用该软件的其他软件包，计算得到的类似。
[图片]
sob老师，我检查过了，还是这个样子。这怎么理解啊。
[图片] 这是偏向离子键的情况
是差分电荷密度图
我也不懂 charge density difference
我把tot density相减，再用tot density画出来的
[表情]谢谢其实我也觉得文献中的词太多了。很容易误解。应该统一一下。
还有人说deformation density 是差分电荷密度的。。。。
是的。
你有共价键电子密度差的图吗
或者类似文献吗？老师
[图片]Sob 老师，这是没有成键的情况。@Sobereva
A:
看着不像共价作用
Q:
那像什么作用？
A:
这里说了密度差的几种类型
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
明显氢离碳很远
Q:
嗯嗯，没有成键就是没有相互作用的例子
最后一个是没有相互作用的例子
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2016.10.18 05:16:01
Q:
求助下各位，我在编译MPI版gromacs 5.14时出现了这样一个问题，编译结束后bin目录下只有gmx_mpi这一模块，其余如mdrun均不知所踪，test也没有报错。可能是哪里出问题
了吗？
A:
5.x开始mdrun等子程序都已经合并到gmx里头了
Q:
原来如此，谢谢SOB老师，那调用的时候应该如何调用？之前都是用4.x版本的，突然这样有点懵
A:
gmx mdrun
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2016.10.18 05:19:25
Q:
我想我问一下离子对体系的活化能会有影响吗？
我想计算有机分子在水相中发生氧化还原反应的活化能，同时水相中还有氢氧根离子
我该怎样把水和离子加进去呢，之前没有计算过类似的。老师
A:
忽略氢氧根，隐式溶剂模型如SMD考虑水环境
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2016.10.18 05:48:14
Q:
[图片]老师，这密度差的积分曲线是谁和谁的密度差？他这只有一个文件分子Au-F，差是怎么来的？[表情]
A:
不要在48小时内在群里和论坛里问同样的问题，否则得回复两遍，又不能让帖子悬在那里
Q:
老师我错了[表情]下次不会了
A:
需要较多叙述、牵扯图片文件的适合发论坛，三言两语就能说明白的可以在群里讨论
Q:
请教一下大神，做电子密度差图的时候可以用高斯算出的fchk文件直接转化成wfn文件吗？混合基组的输入方法自己在软件里试了一下感觉还是不怎么会。[表情][表情][表情]
A:
混合基组跟密度差有什么关系
完全毫不相干
Q:
可能我说的不清楚吧。
[图片]
A:
那是变形密度图
不能，除非你自己把fch转换出的wfn文件手动修改来做球对称化
Q:
嗯。明白了。大神，那wfn文件怎么做出来。[表情][表情][表情]
A:
哪个wfn文件？博文里很详细说了啊
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2016.10.18 06:19:17
Q:
各位前辈好！能不能问一下： Eigenvectors required to have negative eigenvalues:
R17 R14 A9 A10 R4
1 -0.62717 0.58138 0.19952 -0.19897 0.16630
D8 D16 D7 D15 R5
1 0.15765 -0.15756 0.15556 -0.15506 -0.09138
内坐标下面的小数是不是代表这些内坐标的变化量？从这一堆数据是不是可以看出对应负的本证值的本征向量中R17变化最大，是主反应坐标？
sob前辈您好！能问一下我刚才说的想法对吗？
A:
甭看那些，直接看gview振动模式观看界面里显示的原子上箭头的大小就完了
Q:
因为没有优化完，从out文件想看看过渡态的趋势对不对
A:
看那个没用
Q:
前辈您好！能问一下：看什么有用啊？（经常找到甲基在转的不想要过渡态）
想从out文件中看出是不是甲基在转
A:
对比一下最后一帧的结构是否和预期的TS接近就完了
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2016.10.18 07:26:31
Q:
请问一下pcm模型是不是就是指iefpcm模型
A:
应当说IEFPCM是PCM的最佳实现
高斯里PCM和IEFPCM是一码事，写PCM默认就是用IEFPCM第二版
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2016.10.18 07:33:07
Q:
老师，对于第四周期以后的元素原子，是不是需要自己按博文的方法，输出wfn文件，然后手动球对称化？[表情]
A:
是
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2016.10.18 08:00:05
Q:
请问Multiwfn直接耦合法计算电荷转移积分
可以吗？
A:
目前不行
Q:
嗯嗯好的～看到网站上说是要在3.4中加入的不知道大概要多久呢？
A:
数个月后
近期太忙，所以暂时搁浅了
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2016.10.18 08:15:57
Q:
温度不是势能面的函数，是否导致任何方法都无法针对不同温度来优化结构？
A:
y
Q:
所以分子力学也不能计算不同温度的构象分布？
A:
能啊
统计不同构象范围内出现的时间比例
我是说MD
单纯的分子力学不能
Q:
哦哦
分子动力学？
A:
且不考虑核的量子效应，本身有了温度，核就会动，既然会动，就没法说优化的结构
Q:
所以分子级别没有温度的概念，而温度的定义是分子动能的平均量度？
A:
分子级别只说核/电子的动能
大量分子才说温度，是平均动能的反映
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2016.10.18 15:51:34
Q:
老师，在multiwfn做等值面图时，直接从gaussian里边pop=full跑出来的.chk文件转换成.fchk文件，就可以直接导入到multiwfn里边吗？
A:
y
pop=full根本不需要加
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2016.10.18 16:40:02
Q:
老师怎么用multiwfn将fchk文件转成cube文件
A:
问问题后注意看at的回复
[图片]
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2016.10.18 17:13:20
Q:
请教老师，我想在一个5nm x 5nm x 5nm的box中加入100个水分子，生成xyz，用什么软件比较好
A:
通用的：packmol
gmx的：gmx solvate
Q:
好的，多谢！一个老师说用Python写，然后优化也可以。
A:
自己写肯定没法直接产生堆积得比较紧密的结构
Q:
好的，下载个packmol试试。
我想建co2的amber力场，老师不太了解这方面，就说从文献找参数。请问怎么入手好呢？一大堆参数都看不懂。
A:
无非就是原子电荷和LJ参数，没什么复杂的
自己用antechamber建立也行，很简单
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2016.10.18 17:18:56
Q:
老师算多聚体最好用什么方法能收敛快一点，并且收敛容易一些呢？
高斯中计算多聚体
A:
什么收敛？
这跟方法没必然关系
Q:
哦，这样啊，我优化结构就已经很难收敛了，可能是我初始结构放置的不合理导致的
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.10.18 17:22:31
Q:
各位老师，请问有无过渡金属优化方法及机组选择的的相关帖子，谢谢
基组
A:
优化没有特殊性
对于DFT，
低精度:lanl2DZ
中等精度：lanl2TZ
较好精度：lanl2TZ(f)或SDD
Q:
[图片]请问，对于这个具体的H转移的过渡态，拟用什么方法和基组呢，1号为Co钴
A:
重要区域：TZVP，或6-311G**
较远区域：6-31G*
Q:
用分层的方法吗
A:
混合基组!=分层
Q:
方法用哪个呢？
A:
M062X
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2016.10.18 17:25:11
Q:
老师，从XRD获取的配合物结构，用于计算，SCF不收敛，然后根据你的博文增加关键词依然不能收敛，请问应该怎么做呢？
A:
博文里已经列出了所有可能奏效的方法
如果确保结构无误，那就没有其它办法能解决了
如果结构100%没问题，那就是你用的处理方法还是不对，没抓住要领
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2016.10.18 18:01:04
Q:
[图片]请问用Multiwfn保存格点数据输出为cub文件，如图已经显示 has been outputted to: density.cub，但是不论是在Multiwfn所在文件夹，还是在处理的文件所在文件夹
都没找到这个density.cub文件，搜索density.cub也没找到，请问应该怎样能找到？
A:
输出到了当前目录，什么叫当前目录看手册第二页第5条
这里也说了什么叫当前目录
http://sobereva.com/237
Q:
谢谢sob老师，我的输入文件所在目录就是当前目录，但是在那个目录中没有找到，用windows的搜索功能也没有找到这个.cub文件，之前用Multiwfn没有出现过这种情况在当
前目录下都能找到
A:
重新操作一遍
Q:
我重新做了2次都没有没有，实在是没找到
A:
双击启动Multiwfn.exe，输入路径，照常操作完了，density.cub就会产生multiwfn.exe所在目录里头
Q:
[图片][图片]只是输入文件在Multiwfn中打开成功后的截图和当前目录的截图，当前目录一直都只有之前做的1a-density.cub
A:
Sobereva(190258442) 10:20:36
双击启动Multiwfn.exe，输入路径，照常操作完了，density.cub就会产生multiwfn.exe所在目录里头
“就会产生multiwfn.exe所在目录里头”
“就会产生multiwfn.exe所在目录里头”
“就会产生multiwfn.exe所在目录里头”
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2016.10.18 18:02:28
Q:
[图片][图片]求助怎么得到分子尺寸大小？也就是图中的a,b,c
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2016.10.18 18:15:04
Q:
老师，体系带有一个单位正电荷和一个单位负电荷，在输入文件里分别要怎样设置啊，我知道一个正电荷的时候，1 0 ，那么一个负电荷怎样设置啊？老师。
A:
0 1，设整体的
Q:
老师，我这个是发生分别发生氧化反应和还原反应的体系，要计算三个体系，中性的，带有一个正电荷的，带有一个负电荷的，我说的这个电荷就是指体系的总电荷。
[图片]
老师，中性分子，我设置的是0 2，可是带有一个正电荷和负电荷的这两个体系的电荷我不知道咋区分
A:
图中正负号代数和就是体系净电荷数
----------------------------------------------------
2016.10.18 18:15:04
Q:
[图片]请问，在做RDG分析的时候，如何才能知道这些有颜色分布区域的每一个点的λ2的值与符号
A:
一看颜色就知道数值了，红的显然是正的，其它都是负的
非要那区域每个点的值，你就把格点数据导出，按照RDG排序，小于RDG isovalue的点都在等值面里头，然后调用Multiwfn用主功能1批量计算这些点的性质，然后提取lambda2
值
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2016.10.18 18:27:22
Q:
[图片]
请问，怎样的咋画，
是通过GaussView直接分层画的，
还是单个画完，再使用PPT组合的？
还有没有其他方法可以画的好看些？
你在GV里用两种不同方式显示该分子，然后分别保存，最后在PPT里组合就完事了
A:
edit-select layer，选中整体，设为medium；然后再选中间的苯，设为high，就完了
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2016.10.18 18:42:46
Q:
Sob老师,使用Multiwfn进行能量解析（EDA）的时候，只得到了两个量ΔEorb和ΔEsteric但是我看到文献中都是以三个量的形式出现ΔEint = ΔEelstat + ΔEPauli + ΔEorb
，怎么将ΔEsteric分解成ΔEelstat + ΔEPauli [表情]
A:
分不开，所以叫简单的能量分解
要分开用GAMESS-US、ADF、Q-Chem
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2016.10.18 18:56:33
Q:
老师，带有自由基的体系计算NBO之后，可以在输出文件中根据自旋密度找自由基位点吗，因为有好几种自旋密度，那具体参照哪个呢？
A:
什么几种自旋密度，自旋密度只有一种定义。从NBO的信息中能获取的是自旋布居，不是自旋密度
自旋布居的计算有N多种方法，NBO支持的NPA方法是其中一种
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2016.10.18 19:05:52
Q:
只有对于平面体系，ICSS_ZZ才比ICSS更合理吗？
A:
具体问题具体分析
平面体系考察ZZ更能反映芳香性所以才这么说
其它体系也许研究其它某个，或研究某个两个分量等等更有意义
Q:
例如对于C60这样的立体体系呢？
以及平面分子堆积成二聚体，要考察单体和二聚体芳香性差异呢？
A:
C60就研究垂直于表面的环的方向上的分量，考察哪个环就垂直于哪个
二聚体还是可以考察ZZ，但是讨论分子平面上方的值就不好说了，其它分子会碍事
Q:
但ICSS应该是考虑整体的，如果对C60计算，也不会逐个环讨论
博文里ICSS的介绍里提到的论文中对C60似乎是直接用ICSSs，没有用分量
A:
各个环朝向不同时，为了折中，只靠一个图反映时，ICSS就只能考察各方向平均值了
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2016.10.18 19:18:36
Q:
请问各位老师，IRC是在质量权重坐标下连接势能面相邻两个极小点的能量最低的路径。请问其中的质量权重是什么意思
谢谢
在google和百度都没搜到这方面关于这个名词的解释
A:
笛卡尔坐标前头乘上相应原子坐标质量的开根号就是质权坐标
Q:
好的，谢谢sob老师
那质权坐标这样做有什么好处，与普通的笛卡尔坐标
A:
体现了质量的影响，对有些问题这是必须的
诸如受相同的力，轻的原子当然运动得要比重原子快得多
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2016.10.18 19:26:35
Q:
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
优化三线态是老是出现
谢谢老师
A:
路径甭写那么多g09
仔细看这个过程
[图片]
Q:
[图片]
老师请问这是对称性的原因吗
我是不是应该加上nosymm
A:
没具体信息不好说，可以试
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2016.10.18 19:31:42
Q:
[图片]
[图片]
CCL上竟然有人搞对泛函投票。还有人说“It is immensely helpful.”估计要照着用了。。。等权重民主的毒瘤要渗入科学界了？
A:
这投票看了，没什么意思
比如算激发能，都不分具体体系就投，这哪行
而且也不分计算量，双杂化和普通泛函搞一起
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2016.10.18 20:34:22
Q:
用Multiwfn绘制-Z*ρ(3)zzz图的时候，做完[图片]这步之后，就选100吗？
谢谢
A:
y
Q:
谢谢
把这个颜色改变成您博文中的颜色怎么修改[图片][图片]
A:
调节色彩刻度
使用Multiwfn计算超极化率密度
http://sobereva.com/305
Q:
老师这个颜色刻度之间的距离怎么调 [图片]，弄了好久还是没有弄好
A:
参考博文的设置
黑色部分超过下限
白色部分超过上限
后处理菜单有相应选项
Q:
前面的步骤跟博文一模一样
老师就是这个图吧数据导出来，可以用origin画出这个图吗
A:
效果不好
先把博文的例子重复一遍
所有步骤在博文里都说了
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2016.10.18 21:35:07
Q:
[图片]请问大家有没有遇到过这种情况
貌似作业被覆盖了，我再重新算吧，谢谢啦
A:
%mem设得比实际空余物理内存太大
----------------------------------------------------
2016.10.19 01:29:57
Q:
请问，各位前辈有用DFTB+的吗？求助入门资料[表情]
A:
看MS自带的教程
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2016.10.19 01:36:07
Q:
[图片]
老师，我想问一下什么是单重基态，一三重激发态，不明白是啥意思
那它的激发态是有几个电荷？
基态电荷数为0啊，激发态不是应该失去电子了吗？
两个单电子不是失去电子了吗
[表情][表情]
我根据sob老师的博文，基态的设置是0 1，激发态的设置是0 3，用的泛函和基函数和博文一样，b3lyp/def2svp, 可是计算结果和博文里的差距较大，不知道为什么了。
[图片]
[图片]
A:
写博文涉及到的吡啶的输入输出文件都传到群共享了，仔细对比
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2016.10.19 02:23:21
Q:
老师我做第一超极化率密度图，载入fchk文件之后显示file not found, 但是任务却正常结束了
现在log文件和fchk文件用gaussianview都打不开
[图片]老师一个正常结束的任务的输出文件和fchk文件打开显示这样怎么回事
可是我其他的fchk文件可以打开
A:
拿multiwfn看能否打开这个fch。能就说明gv有bug
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2016.10.19 03:19:57
Q:
请问用什么程序可以模拟一个小分子进入蛋白质的整个过程啊？
http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10080-1013031042.htm 求文献谢谢
A:
Jobs gromacs、amber、NAMD都可以，可以做拉伸动力学
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2016.10.19 03:26:57
Q:
[图片]请问各位老师同学，用Gaussian计算ADMP时，log文件出现这样的报错，如何解决
这是我的输入文件
A:
分明是NKE而不是NEK。不要写scfcyc=9999这么恶心的关键词
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2016.10.19 03:29:56
Q:
①Last state=GCL 是高斯的BUG吗？
②我用的M11/6-31G**。
没用过M11，基组能选择劈裂的吗？
A:
自己不会用不要随便怀疑程序bug，明显是关键词写得不对，要么版本太老不支持M11
M11当然能用6-31G*
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2016.10.19 03:37:32
Q:
群里有同学或老师用过dushin这个程序算重组能吗？有一个体系，能处理负电荷的体系，却处理不了正电荷的体系
[图片]统计完频率和结果之后，就结束了，没有进行 Dushinsky matrix for symmetry block 的分析
A:
仔细比较两个体系的dushin的输出信息找原因
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2016.10.19 03:49:09
Q:
我看了sob的这个http://sobereva.com/131
还是没太懂在分析 Mulliken population的时候Hirshfeld Analysis 这个的作用是什么。。
想问一下群里有谁能帮忙解答一下啊~~谢谢~
A:
这是两种不同分析方法，文中都做了演示
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2016.10.19 05:16:31
Q:
[图片]老师，我忘了把setting.ini哪设置错了，感觉图像的和数字都有点失真了
还是怎样才能把几张曲线图做到一个图里？有相关参考教程吗
A:
本来就是这种字体。
Multiwfn后处理界面有选项来导出曲线数据，把产生的文本文件直接往origin里一拖，再选择作曲线图就完了
用origin多少曲线都能作到一起
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2016.10.19 05:27:24
Q:
各位老师，我使用gaussian计算碳基模型吸附离子。在碳基模型吸附离子的体系中为了表示离子，我是应该将体系分成两个fragment，其中离子所在的体系将电荷数改为离子所
带电荷数。这样做是否合理，预先谢谢各位老师。
A:
毫无意义，你这只是设定初猜的电荷分布，然而最终收敛的波函数根本不受你初猜设定的影响
Q:
老师，是否是直接将整体电荷改为离子所带电荷数即可？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.19 05:59:17
Q:
[图片]
请问multiwfn计算分子轨道组成，为什么出现负值
A:
负值的原因在此帖和其中所引文献里都讨论了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
SCPA、NAO、Becke、Hirshfeld都不会有负值
----------------------------------------------------
2016.10.19 06:01:32
Q:
老师，somo轨道可以是六七个吗，那样的话，lumo和homo怎么解释？
A:
RO计算才有SOMO概念，只有一个
----------------------------------------------------
2016.10.19 07:03:46
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
心疼liyuanhe，被今天群里俩问题肯定气坏了
----------------------------------------------------
2016.10.19 07:20:08
Q:
multiwfn能够载入fchk文件，但是我用fchk做超极化率密度图的时候显示file not found
A:
明显输入得不正确
截图
Q:
[图片]
A:
路径甭弄这么长
并且去掉双引号
长路径、路径带空格都是很坏的习惯
----------------------------------------------------
2016.10.19 07:40:50
Q:
请问老师，目前我在用一台旧一点儿的小型服务器(四核至强E5405/运存12G)算一些简单的分子，考虑到Linux暂时用不习惯，想问一下是装win7好一点儿呢，还是win sever
2008 r2/2012r2好一点呀？谢谢老师啊！
A:
win7
----------------------------------------------------
2016.10.19 08:07:20
Q:
[图片]
这个图的横坐标和纵坐标都是什么？
A:
横sign(lambda2)rho
纵RDG
Q:
sign(lambda2)rho 这个没看懂？
可直接写？
A:
这里都解释得很清楚
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2016.10.19 11:51:48
A:
风格侧重于给实验化学家看的
于是通篇都在用APFD/6-311+G(2d,p)，不分红青皂白
Q:
举例子而已啦，不会那么详细说选择计算水平的原因。这本书的目的在于让初学者上手，而不是深入讲理论。
A:
貌似想法是：甭管为什么这么用，你这么用能得到结果就完了。
Q:
我记得 2nd Edition 里好像有句话，大意是使用者要根据自己的体系选择合适的方法。
A:
但初学者会吃大亏
搞实验的对计算耗时心里没数，经常动不动就拿来个大分子，还能拿6-311+G(2d,p)优化
反倒是书里一开始扯一大堆跟维他命D相关的有的没的，跟计算都不沾边，这篇幅拿来介绍一下什么情况用什么计算级别多好
Q:
别生气……
这话人多的时候说挺好，现在人少，没人看得见。
过几个小时天亮了，又会被后续的留言顶不见了……
A:
像上面关于弥散函数，第一句话就错了，弥散函数根本不限于s,p角动量。下面马上出现的aug-cc-pVTZ的情况立马就和这矛盾了。还说带孤对电子得用弥散，初学者看了这书，
得可劲滥用弥散函数了。sob辛辛苦苦拨乱反正都白费了
Q:
别说孤对电子了，就连里德堡态都不一定需要加弥散……
A:
里德堡还是要加的
Q:
印象中黄明宝老师曾经说过，他比较过某些（我忘记具体的体系了）里德堡态的体系，弥散函数的作用不大。
A:
对优化FOOF，有个表
[图片]
书中丝毫不提3-zeta的重要性，居然宣扬弥散函数好
[图片]
明摆着同样大小，6-311G*比6-31+G*结果更好。
尤其到了大体系，6-311G*比6-31+G*便宜不是一星半点，后者还难收敛
对比2ed和3ed，莫名有种Foresman这二十年有点水平不进反退的赶脚
Q:
OMG,我一直以为带孤对电子得用弥散[表情]，学习了。[表情]
A:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
[表情],sobereva老师，我还有一个疑问，针对什么体系的优化，基组中要加p？忘了听谁说的，遇见质子转移的体系要加p
A:
如果你是指给氢加极化，直接牵扯到氢的问题都应该加
包括讨论氢转移、氢键、氢解离、抓氢键等等
Q:
[图片]
Exploring上来就拿维生素E做例子，背景就写了将近两页还没说到和计算有关的事情。况且初学者拿这个在自己本子上算得好几个小时。。。感觉着实不是什么好的入门例子。
[图片]
[图片]
hhhhhh发现可以无缝替换，以后给新人传替换后的版本[表情]
A:
维生素那一大堆都看不下去了
Q:
已经有第三版了啊，不过看了老师的评价都不想看了[表情]
A:
看了前100页，写了近千字批评的提纲
Q:
提纲
A:
书中算beta||那部分简直吐血
拿6-311+G(2d,p)算小分子beta||连符号都是错的，还厚着脸皮说结果和实验定性一致
后来验算了一下，beta||表格里的数据一塌糊涂
Q:
看的时候脑子里：“你想说什么”“恩？”“你确定？”“啥？”“什么鬼”。。。
看来第三版是没法看了……还是看第二版吧
A:
前100页倒处吹APFD，就是不敢拿M06-2X比，老欺负MP2，逮着B3LYP不擅长的地方就欺负B3LYP一把
满满的槽点
Q:
对了第二版英文原版没有没文字版的？我手头至少有扫描版，没法截取文字
[表情]白期待了这么久
A:
网上的应该已经是OCR过的
起码我手头的就是
Q:
[图片]
[图片]
A:
[图片]
Q:
Apfd很垃圾吧？
A:
拿CCSD算频率，以其高的耗时衬托APFD又快又好
[图片]
Q:
APFD是啥
A:
这就是理论方法的忽悠，把读者都当弱智
Q:
哦。突然有点想明白了，之前可能被别人误导了
谢谢，Sob老师，
作者有私心吧，没准就是搞APFD的
A:
文中还经常用HF/6-31G*优化结构，初学者因此文章被拒都是foresman的责任
Q:
高斯没落了
APFD 泛函好像不怎么见过使用啊
有文献在用这泛函算吗？优化用的还是算性质用的、
A:
foresman没参与APFD，高斯的boss frisch是作者之一
不过这么吹APFD大抵也是frisch授意的
Q:
[表情]
A:
什么都能算
色散校正的APF。HF成份和PBE0相仿佛
Q:
意图打造成B3LYP 的影响力？
A:
是的，别有用心
索性干脆把默认理论方法从HF换成APFD
Q:
这软文广告做得飞起
高斯真有意思
[图片]
[图片]
HF没人用了吧
A:
y
Q:
高斯公司太小气了
源代码都不分享
毕竟商业软件
HF能用的地方也就写程序用。。。话说我一直用HF/3-21g[表情]
A:
初学者看过此书后，就被APFD/6-311+G(2d,p)洗脑了
Q:
上千人搞的
个人搞的，想让别人看不懂也不难
sob老师，明年您的第一本书是不是也是和高斯第三版书一样，从基础的开始讲？
A:
exploring 3ed的结构完全不行，比这个会好得多
Q:
sob老师，方便的话能否传一下OCR版的第二版 [图片] 刚刚搜了一下，怎么都是扫描版的
A:
扫描下来之后再OCR就是OCR版的
acrobat就能OCR
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2016.10.19 16:00:12
Q:
j phys chem c 分子反应动力学的理论计算投这个杂志适合吗？我认为好像A更适合
A:
A适合
----------------------------------------------------
2016.10.19 16:05:39
Q:
老师，算fukui函数时，除了坐标不能变之外，n+1可以带弥散么
A:
可以带弥散，带不带基本不会有差异
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2016.10.19 16:22:07
Q:
请问dft自旋污染怎么解决。收敛不了
A:
收敛跟自旋污染是两码事，毫无直接关系
Q:
就是优化时每一步的计算时间越来越长，时长增大了10倍以上，认为跟自旋污染有关。可能是自旋多重态选错了。
还没有试，导师说现在时间慢跟自旋多重度设置有关。
A:
对过渡金属体系，自旋多重度和实际的基态不符容易造成SCF难收敛
但这跟自旋污染的概念完全毛关系也没有
Q:
好的，自旋污染严重是不是可以推出多重态设置不合理呢
A:
没这回事
不要老想自旋污染，DFT计算根本不用考虑这个
自旋污染都被妖魔化了
----------------------------------------------------
2016.10.19 16:50:11
Q:
[图片]老师好，请问Si原子周围为什么会有红色的斥力，这是什么原因导致的，谢谢[表情][表情]
A:
可以把密度截断设置关掉再试图考察其意义。出现环状等值面的原因这里说过
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
Q:
谢谢老师，按照帖子上面的解释，也就是说Si原子与周围的C原子作用力很强，已经超出了弱相互作用范畴，我的理解对吗
A:
有可能是硫的电子云弥散程度略广，本来和旁边C原子形成共价键的等值面，在默认的RDGmaxrho设定下还留出一点没截掉
没太大物理意义
Q:
恩恩，好的，谢谢老师
可是我的是硅原子，它是存在空轨道的
A:
和什么空轨道半点关系也没有
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2016.10.19 17:06:23
Q:
求教一个Li2S4的最稳定构型的问题：它的最稳定构型是像下面这样的吗？非常感谢.
[图片][图片]
A:
如果没有特别的证据表明这是最稳定的，我看可能性很低
Q:
我优化了两遍都跑成这构型去了[表情]
A:
这种大小的体系，找全局极小点并不容易，初猜得考虑得十分丰富
最少考虑40种吧
----------------------------------------------------
2016.10.19 17:13:55
Q:
老师，我在使用Multiwfn时出现一点小问题：我用的是oniom模型优化的结构，分子可能比较多，当我取出fchk文件拖入软件，运行时软件闪退，文件没有中文路径，也是在英
文输入法下操作的
A:
不支持oniom的fch文件
Q:
谢谢老师，我现在想分析一下分子间的弱相互作用，比如两个给体间的pi-pi或者氢键，我该怎样操作呢
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
老师，我尝试了用RDG和AIM分析分子内的相互作用，现在由于要考虑周边分子对该分子的影响，我使用了oniom模型，那我是不是要换个思路，比如说优化两个分子，看这两个
分子见的作用
A:
跟ONIOM是两码事。分析是分析，计算是计算
ONIOM计算产生的fch文件里不含波函数信息，没法用来分析
----------------------------------------------------
2016.10.19 17:21:48
Q:
老师打扰了我在multiwfn可以做弱相互作用的等值面可以显示绿色部分，但是导出来.cub文件然后在vmd不显示那绿色的作用，是不是需要设置什么啊？求老师指教？[图片]
这是multiwfn的，而在那个vmd中这样没有那个绿色的相互作用[图片]
A:
说明你在VMD里没恰当设定显示方式
显示方式用isosurface，并且把isovalue恰当调好
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2016.10.19 17:25:52
Q:
老师，gaussian里面用DFT方法几何优化，我想问下这里的几何优化考虑没考虑到比如空间中两个基团或者原子范式作用或者其他弱相互作用对构型的影响？还是说这些量子化
学计算方法只考虑电子效应对体系能量的影响？还是都考虑到了？
A:
[图片]
看你用的理论方法。诸如B3LYP完全考虑不了色散作用，M062X能考虑得不错
这里有详细讨论
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2016.10.19 17:33:04
Q:
Sob老师，您好，我想问一下我用Multiwfn搜索CPs的时候，发现不满足n(3,-3) – n(3,-1) + n(3,+1) – n(3,+3) = 1这个关系式，我搜索到的是[图片]这样的情况，那么我
接下来应该怎么调试呢，我看手册没有看明白！麻烦老师了
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
[图片]
无关紧要的临界点找不到也无所谓
Q:
原子间没有关键点是不是两个原子不成键的充分条件
A:
对于化学键是，对于弱相互作用不是
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2016.10.19 18:01:21
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以
不要把泛函简写为B3
看此文第12条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.10.19 18:45:34
Q:
大家好，初来乍到，请教一个问题。我用multiwfn分析CDA, 复合中含有铜离子，当把复合物拆成两个片段的时候问题就出现了。单体A自旋多重度为 1，单体B 自旋多重度为
2。我理解的是单体A 为闭壳层单体B为开壳层，这时候该怎么设置。刚刚接触，所提问题难免有些幼稚，还请大家见谅。
A:
设置什么？
Q:
就是在优化片段A和B的时候，片段A 选闭壳层片段B选开壳层还是都选一种壳层？
A:
计算得统一
其中一个片段是开壳层就所有片段和复合物都得用开壳层，否则程序没法算
----------------------------------------------------
2016.10.19 18:48:24
Q:
我想我问一下，在计算重组化能的时候，激发态的初始结构和基态有很大的不同，是怎么来的呢？老师
A:
什么叫激发态的初始结构
如果是指激发态极小点，当然和基态极小点不同
Q:
[图片]老师，我就想问，这个结构的结构参数是承接着哪一步出来的？
A:
随便弄的结构，初猜无所谓，不是平面就行
----------------------------------------------------
2016.10.19 18:49:50
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
都用开壳层计算
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2016.10.19 18:53:16
Q:
明白了谢谢老师。还有一个问题，我看网站上说自旋多重度为1的时候 gaussian默认为闭壳层 2的时候默认是开壳层是这样子的吗？
A:
y
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2016.10.19 18:58:00
Q:
老师，我做出了这个超极化率密度图，但是我想显示体系中的原子，我选择4之后就显示C H这两个原子，其他的没有显示[图片]
想显示其他的原子是不是要用ps弄上去
A:
距离作图平面太远，后处理菜单有选项设距离多远的原子能显示上去
----------------------------------------------------
2016.10.19 18:58:47
Q:
Multiwfn也可以导入adf计算的结果吧？
A:
不能
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2016.10.19 19:06:05
Q:
老师好，我在按照您提供的教程（116）做CDA。做到自旋反转的时候好像有些改动，教程中没有复合物的反转，用3.3.9版本的程序运行时，程序询问复合物是否需要反转，看
到这个，我这个门外汉就迷糊了
A:
只要牵扯开壳层的片段都会让你选择是否自旋翻转
Q:
哦教程中介绍了片段1 和 2，一个反转一个不反转。这个是不是需要反转右什么依据判断？
还希望老师指点
A:
群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》说了为什么需要反转
Q:
谢谢老师
A:
如果你把自旋多重度2的片段当A，其余的当B，就不用反转
----------------------------------------------------
2016.10.19 19:23:24
Q:
, 请问，以Z-matrix为输入坐标，做部分优化的时候，是不是用一个空行将需要优化的变量和固定冻结变量分隔开就行呢？谢谢~
A:
是
----------------------------------------------------
2016.10.19 19:24:41
Q:
Sob 老师
我想按照培训PPT热力学部分65页的生成焓计算流程计算SF6的生成焓（测试）
我查表查到S的标准态是S（c），F是F2（g），就是生成焓是0的，不知道理解对不对
之后计算流程如下：
[图片]
数据是G4算出来的
输出结果：
[图片]
第一个结果不对，查表SF6生成焓-1206kj/mol
第二个结果是我近似用S2做反应物，再加上S到S2的焓变近似算的，结果要好一些
我现在怀疑是不是我G4S、G4F算的不准造成的呢？
[图片]
您能看下我这样算H（F（g））对不对呢？
A:
S（c）是什么？
Q:
[图片]
额，写错了应该写S（cr）
A:
非常忙，没时间仔细看你的数据
硫的标准态就是正交硫，你找原子化热实验值
利用S+3F2--->SF6计算.
只有F2、SF6是需要G4算的。G4精度不会不够
Q:
好的，谢谢Sob老师
我算单个原子的焓值
S的
自选多重度给的 8 F给的7 可以吗
A:
S的基态显然自旋多重度是3，F是2
----------------------------------------------------
2016.10.19 21:31:15
Q:
sobereva老师好，可以用CDA来判断金属周围是几配位的吗？例如，我分别做1-4配位的计算，然后b-d不再发生变化或者变化很小。
A:
没听说过
考察是几配位可以尝试用主功能100里的选项9，用来计算配位数。
----------------------------------------------------
2016.10.19 21:34:30
Q:
sob老师，您知道如何计算或者知道某激发态的偶极矩。已经做了TD计算了，但是看out文本没有输出具体激发态的偶极矩，想用。
A:
TD(root=x) density
最后输出的偶极矩就是第x激发态的偶极矩
Q:
sob老师，TD(root=x) density
是不是需要对结构的所有激发态重新计算后，再计算某一态的偶极矩
比如，我开始计算了50个激发态，但是后面需要知道第30个激发态的偶极矩，所以就想着计算这第30个激发态时是不是需要重新计算这50个激发态，要不然不知道哪个态是第30
个，我想是这样。
哦，这样就算第30个态的偶极矩了。那和TD(root=30) density有啥区别呢
我之前都算过td(nstates=50)了，该如何能简单知道root=30的偶极矩呢，不用和算td(nstates=50)一样的时间。
A:
你必须重算一次，没有节约时间的办法。虽然TD(read)读取之前的跟使得davidson迭代可能收敛得更快，但效果往往不显著
----------------------------------------------------
2016.10.19 23:00:18
Q:
优化到相应构象结构，计算电子能量，再做振动分析，如何把把热力学校正能加上去得到自由能？（在什么温度下计算分布比例，就应当在什么温度下计算热力学校正能）
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2016.10.19 23:20:24
Q:
请问各位，用Multiwfn怎么计算积分值
刚入门，对Multiwfn还不是很熟悉
A:
说清楚具体算什么的、哪个空间区域的积分值
----------------------------------------------------
2016.10.19 23:38:36
Q:
老师，请问如何利用Multiwfn计算原子数不同的化合物相互作用时的轨道重叠？
A:
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163
----------------------------------------------------
2016.10.19 23:42:42
Q:
请问，在SAPT能量分解中，色散能越大，可以说色散力就越大么？还是他们之间没有必然的联系
A:
作用力和相互作用能是两码事，前者是后者的负梯度。SAPT体现的是各个物理项对相互作用能的贡献
----------------------------------------------------
2016.10.20 00:33:10
Q:
请问一下，算含有金属的络合物的激发态的S1态不是HOMO-LUMO的电荷转移而是HOMO-1-LUMO，这正常不？
A:
正常
----------------------------------------------------
2016.10.20 00:44:56
Q:
[图片]
我想知道那个BF4- 需不需要算在体系里呀如果算在体系里是怎么算
求大神赐教~
A:
有无必要放看研究什么。放的话就摆旁边就行了
----------------------------------------------------
2016.10.20 01:51:55
Q:
[图片]请问大神，优化的时候是这种情况，并且是L9999错误结束要怎么解决，用的是tddft-6-311g level
A:
减小步长上限再试
----------------------------------------------------
2016.10.20 02:19:34
Q:
请问M06-2X有长程校正一说吗？
A:
基本没有给M06-2X这么高HF成份的泛函用长程校正的
----------------------------------------------------
2016.10.20 02:52:43
Q:
5d和6d计算的能量不一样。。。它们哪一个更好一些？
A:
没法说谁更好。前者更省时一点，往往还容易收敛一些。后者相当用了更大的基组，但结果并不比5d有实质改进
Q:
6d比5d大不了很多，但是10f就比7f大不少了
A:
是的。所以即便是pople基组，高斯也是默认用7f
仔细阅读，博文里明明写了气相下怎么计算
Q:
写程序还是6d好做，5d很麻烦。。。
A:
我也挺懒得转换
Q:
密度泛函的话，前3周期，d轨道绰绰有余
我暂时不想搞f轨道。。。
A:
够用就完了
Q:
对
今下午和师兄优化的同一个体系，molpro和gaussian算出的结果大相径庭
orca和gaussian结果差不多
A:
DFT还是推荐用gau和orca
Q:
不知道是不是molpro的原因
嗯嗯
基组收缩我都不懂是啥。。。
他用的MRCI
我用的DFT
我们都用了mp2做了做opt，
还是差很多
角度用高斯优化的120左右
A:
对
量化里有很多各种琐事
收缩型基函数
SP壳层
笛卡尔型-球谐型
线性依赖问题
冻核
行列式->CSF
...
还有电子分两种自旋我都嫌烦
Q:
SP基组是啥
SP有专门的算法？
嗯嗯，懂了
我的成语是分开来处理的，，，怪不得慢
这里有什么处理方式吗
嗯嗯
A:
不过这个影响其实也不算很大
Q:
算p确实需要s去递推
p的耗时是s的好几倍
感觉这样处理提升不是太大
嗯嗯
做对称性超级麻烦
再改的话需要动大手术
性价比不高
从闭窍层到开窍层挺好做的
分两种自旋，挺容易的。。。做出闭窍层，开窍层基本顺手写。。。
A:
光是SCF迭代部分分自旋很容易
但你看DFT库里闭壳层和开壳层形式的参数，明显后者麻烦多了
Q:
看过这里。超麻烦
mbpt,ci开窍层也不难
A:
subroutine rks_XCderv(ixcderv,rho,sigma,value,d1rho,d1sig,d2rho,d2rhosig,d2sig)
subroutine uks_XCderv(ixcderv,rhoa,rhob,sigaa,sigbb,sigab,value,d1rhoa,d1rhob,d1sigaa,d1sigbb,d1sigab,d2rhoaa,d2rhobb,d2rhoab,&
d2rhoasigaa,d2rhoasigab,d2rhoasigbb,d2rhobsigbb,d2rhobsigab,d2rhobsigaa,d2sigaaaa,d2sigaaab,d2sigaabb,d2sigabab,d2sigabbb,d2sigbbbb)
----------------------------------------------------
2016.10.20 03:35:34
Q:
请问各位大神，想做ADNDP分析，用程序打开给的Li5+.fch的时候，选择14，但是页面没有反应，进不去adndp的选项，怎么办呀？
请问一下，在使用14adndp的时候提示[图片]，应该怎么办呢？
A:
本身.fch文件就不是AdNDP分析的输入文件。仔细看博文，仔细做一遍例子
字号严禁超过12
----------------------------------------------------
2016.10.20 04:20:54
Q:
每个电子态都对应很多振动转动能级。基态和激发态对应的振动基态会有稍许位移，这样理解对吗？
A:
y
Q:
老师，[图片]v v' v'',电子态对应的振动能级其量子数应该都是v v' v''。每一个电子态都对应有几乎一样的一组振动态。
A:
不同电子态的相同振动量子数的振动能显然是不同的
当然不同电子态的振动态都用相同方式（如量子数、符号）表示各振动态
Q:
我主要想的是一个分子在不同电子态下对应的拉曼红外测出的频率应该是相差很小的
A:
实际算算就知道，opt freq和TD opt freq的差异
Q:
哦哦，谢谢老师
如果是严格的绝热近似的话，电子动很快，原子不能跟得上
那应该是没有差距吧。不过还是检验一下比较好
A:
原子核已经来得及充分弛豫了
每个电子态都有一堆振动能级，转动能级不是这样说的。
不知道你说的振动基态的“位移”指什么。振动平均平衡位置肯定不同
用Multiwfn+origin作图把各个跃迁对峰的贡献分解开一看就清楚了
过程这里写了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.10.20 04:20:54
Q:
[图片]
这种自旋多重度不等以1的体系
其alpha和beta的HOMO LOMO差不多，是不是随便选一组就可以了
A:
y
没有LOMO这说
----------------------------------------------------
2016.10.20 04:38:26
Q:
请问各位老师，用MS建立的晶体模型可以导到gromacs中么？
A:
导出到pdb格式后可以
----------------------------------------------------
2016.10.20 05:31:31
Q:
咨询一下，高斯中能够设置粘稠度吗？谢谢指点
A:
不能设
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:07:16
Q:
sob老师您好，想请教您我在用LSDA优化几何结构时想加上色散项empiricaldispersion=gd3 可是却秒错请问原因[图片]
第二个问题是在pbe加empiricaldispersion=gd3进行优化时 scf迭代时循环中E 与Delta-E项一直是NaN 请问该怎么解决
A:
之前说过，LSDA-D3不行就换PBE-D3
PBE-D3不出这个错就说明LSDA-D3没有相应参数
看一开始输出的色散校正项、核互斥项是否合理。
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:11:52
Q:
文献求助！sci-hub下不了啊[表情]http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1550413116304818
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
[图片]
这已经是你第二次求sci-hub可以下的文献了，这是最后一次，下次求绝对踢了
Q:
[表情]为啥我下载不了呢。。。
A:
没仔细阅读群规
Q:
怎么都这么懒。。。自己动手用sci-hub 也就几秒钟的事情，有时间在群里喊还不如自己去下载
A:
根本就没正确使用sci-hub！
仔细看我截图里的网址
Q:
[图片]
[图片]
A:
根本就没正确使用sci-hub！
仔细看我截图里的网址
第二个截图想表达什么？sci-hub根本都没用
第一个截图想表达什么？根本都没正确使用sci-hub
Q:
跟你说，如果不会有网址下载，直接在搜索框里打入DOI号即可
A:
群规里sci-hub用法写得清楚得不能再清楚了
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:34:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
输入文件不合规矩。对于AdNDP目的，高斯计算时候需要加什么关键词这里说了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:35:48
Q:
sobereva老师，如果算紫外光谱，如果断电了，有什么补救的措施吗？[表情]
A:
TD里写restart
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:37:06
Q:
老师，这个帖子我看了，就是按照那个做的，我计算的是两个分子形成一个反应前区复合物，这个复合物中两分子的轨道重叠情况。但我的两个分子轨道数不一样，貌似不能用
分子间的去处理。
A:
轨道数、原子数不同也一样处理啊！博文里的例子又不是仅能用于相同分子构成的二聚体的，完全是普适的
Q:
我就是完全按照例子的做法，把自己的体系做了一遍，结果全是0
A:
操作过程不对，没正确举一反三
----------------------------------------------------
2016.10.20 06:44:09
Q:
老师，算三元环和四元环的核basin和价basin的积分值
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
----------------------------------------------------
2016.10.20 07:13:38
Q:
[图片]老师，我做分子间轨道重叠，他老出现这种提示，最后结果就都为0了
A:
两个单体的基函数之和必须等于复合物的基函数
仔细检查
尤其是是否因为线性依赖问题自动删除了一些基函数导致不对应（看输出文件里的nbsuse，这是实际用的基函数数目）
----------------------------------------------------
2016.10.20 07:35:07
Q:
嗯嗯
除了xalpha自己写的，其他的完全懒得搞。。。
直接用的库
量化里面的天坑太多，
一个接着一个
A:
诶呦，ahlrichs挂了
Q:
啥时候
A:
刚刚
Q:
Prof. Dr. Reinhart Ahlrichs (16 January 1940 - 12 October 2016) was a German theoretical chemist.
消息这么快
Turbomole没用过。。。
A:
我感觉很难用，操作麻烦
玩了一把就丢掉了
Q:
嗯嗯
最好用的还是高斯
A:
y
Q:
鲁棒性最好
orca综合性能也不错。就是慢点
A:
速度还不错
最要加强的是优化算法，以及算Hessian的鲁棒性
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2016.10.20 08:03:11
Q:
老师，我是那会粗心了，把一个输入文件弄错了，问题解决了，能算了。我这个里面复合物的alpha、beta 的HOMO轨道分别是41和326.两个单体1-78是alpha轨道，79-156是
beta,另一个则分别是1-208,209-416.那么是不是说41,41的重叠积分（0.01684795）以及118，248的重叠积分（-0.00582502），就分别对应复合物的alph、beta的HOMO.这个说明发
生反应主要是两个单体的41号轨道重叠为主导，是这样子理解吗？
我主要就是想搞清楚两个分子的哪些轨道主要参与了特定的某个反应过程
A:
功能100.15考察的是两个单体的俩轨道之间的重叠积分，跟复合物的轨道一点关系也没有。
你要考察片段轨道是怎么构成复合物轨道的话应该用CDA模块
Q:
老师，再问您一下，我怕我表达的不对。我这个是用的反应的前驱复合物，接着是这个复合物中有加成反应发生。我就是想知道这个反应发生的时候其实是两个反应物的哪些轨
道在起作用。您建议用CDA就是实现这个意图吧。怕说的不准确，误导了您。麻烦您了。
A:
这一般得通过轨道图形考察才行，对比复合物（以及复合物到TS之间的IRC的一些帧）的整体的轨道和单体的轨道。分析定量数据是之后的事
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2016.10.20 11:27:42
Q:
请问ambertool可以独立运行么，没钱买amber. 听说有人可以waive掉费用，不知道用什么理由好呢？
A:
可以
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2016.10.20 12:47:55
Q:
老师，如何将multiwfn得到的UV-vis图形进行变化啊，实验上得到的这个图的纵坐标是abosrbance, 但是multiwfn得到的是两个纵坐标一个是振子强度，一个molar
absorbance coefficient，怎么进行变换啊
这是multiwfn得到的 UV图
A:
实验上本质测的就是摩尔吸收系数
绝对值不用管，曲线形状和实验对上就完了
Q:
那就是不用管纵坐标，只要曲线一直就可以了，是吧
A:
y
Q:
老师，我计算得到的IR光谱纵坐标是IR intensity，但是实验上的纵坐标是%Transmittance,请问怎么变换啊
A:
一样，曲线对上就行。如果和实验谱上下相反就把坐标轴反转一下
Q:
但是好像实验和理论得到IR谱差别有点大，有的谱线实验上有，但是计算得到图形没显示出来
A:
有差别是正常的
Q:
实验上4000 cm-1那里还有谱线，但是计算那里不到3500cm-1就没有了
A:
计算级别、频率校正因子明显影响结果
构象也有影响
Q:
哦，那我可以把计算的IR谱的纵坐标写成和实验得到的IR谱纵坐标一样了？都用%Transmittance,对吧？@Sobereva
A:
直接绘制的图对应对光的吸收，和Transmittance是相反的。上下调转一下可以都用Transmittance来标注
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2016.10.20 16:57:35
Q:
早上好，各位
谁会用amber16?我跟教程走，输入solvatebox foo TIP3PBOX 10.0
solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]
usage: solvateBox <solute> <solvent> <buffer> [iso] [closeness
这步卡住了，怎么解决？教程的命令是 [图片]
A:
leap里用list必须显示已经有TIP3PBOX这个unit才行
也许你没载入力场文件
确认已经载入了GAFF力场
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2016.10.20 17:38:20
Q:
老师，我想请问不用高斯的oniom，想做QM/MM,边界处理想采用补氢方法该怎么办
想用Gaussian和力场做
A:
悬着的共价键都补氢
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2016.10.20 17:42:07
Q:
老师，请问一下，使用gview绘制静电势图，得到静电势图后，我可以改动上方的刻度范围以获得能解释我的问题的静电势填色图吗？
A:
可以
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2016.10.20 18:07:40
Q:
sob老师昨天问过您关于色散参数的事情我在用pbe-d3计算时的错误是[图片]这是您让我看的两个量都是NaN
A:
如果结构绝对合理的话，那就甭用色散校正了。如果确认是bug，问客服
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2016.10.20 21:46:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
对
输出文件里会提示从输入文件中读取了初猜
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2016.10.20 21:48:39
Q:
[图片]elf分析是三个桥键，但是AIM分析找不到关键点，只能找到粉色和黄色原子的关键点以及黄色和氢的关键点，应该一ELF分析为准还是AIM分析为准？？
A:
找不到哪个的临界点？
CP叫临界点不叫关键点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Q:
是
A:
没有对应的密度的极大点不代表电子在那部分定域性不强
ELF和电子密度拓扑分析反应的物理意义不同，没有准不准之分
Q:
那能不能确定这是一个桥键？
[图片] 【冒泡】*** 发表动态 04:48:00
"分享图片"
[图片] 查看
A:
可
算个键级最清楚
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2016.10.20 22:47:38
Q:
老师打扰您了，就是在multiwfn里边的做弱相互作用图时其中的延展距离代表什么啊？[图片] 为什么要设置为0呢？
A:
盒子边缘距离分子边缘的距离
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2016.10.20 23:04:17
Q:
http://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-3480-5_10 文献求助
A:
Protein 求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.10.20 23:21:13
Q:
各位老师，请问我需要计算一个开壳层体系的前线轨道电荷密度（以LUMO轨道为例），会存在两个自旋不同的轨道，我应该选择哪一个还是两者相加？谢谢老师
A:
看具体研究什么
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