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[GROMACS] 求助MS建立的高分子模型聚丙烯酰胺,GROMACS计算后各个原子都散掉了

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楼主
想请问各位老师,我是用MS建立的高分子模型聚丙烯酰胺,随后使用SOBTOP,来生成top文件,ITP文件的,然后又用multiwfn生成的resp电荷。但是我进行分子动力学的能量最小化之后,跑完各个原子都散掉了哪里都有,请问这是什么原因,我一直没搞懂

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发表于 Post on 2024-3-12 10:24:31 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromac高分子聚合物的建立” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-12 10:26:34 | 只看该作者 Only view this author
没具体拓扑文件、模拟结果的截图没人能准确告诉你

99%的可能性是拓扑文件存在硬伤,诸如给sobtop用的结构文件里没正确的成键关系,从而导致sobtop产生分子的拓扑信息中缺少该有的成键项。亦有可能拓扑文件里的原子顺序和结构文件不对应导致参数错乱。此类事情自行检查操作流程、根据gromacs基本知识检查拓扑文件内容判断。并且结合能量极小化算法、任务产生的轨迹,从原理上判断原因。如果不具备这些常识性知识,建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)系统学一遍。

没有“分子动力学的能量最小化”这种概念。动力学和能量极小化完全是两个不同任务
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 21:12:22 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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