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楼主 Author: ccccc123
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[GROMACS] 拓扑文件中constraints和bond项有什么区别

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发表于 Post on 2024-3-13 07:29:24 | 只看该作者 Only view this author
liululu 发表于 2024-3-12 16:44
去ATB上下载后,根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗?
用EPM2模型,在进行分子动力学时需 ...

如果没有绝对必要用G54A7,我更推荐结合AMBER/GAFF用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-13 11:36:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-13 07:29
如果没有绝对必要用G54A7,我更推荐结合AMBER/GAFF用

老师,我研究的体系中除了CO2,还有烷烃、环烷烃、芳香烃、沥青质这些物质,查阅文献多采用G54A7力场,所以就用了该力场。要研究热力学性质、扩散系数、径向分布函数,请问老师对于这个体系,有没有更加合适的力场推荐?

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发表于 Post on 2024-3-14 10:14:05 | 只看该作者 Only view this author
liululu 发表于 2024-3-13 11:36
老师,我研究的体系中除了CO2,还有烷烃、环烷烃、芳香烃、沥青质这些物质,查阅文献多采用G54A7力场,所 ...

GAFF、OPLS-AA也完全可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-14 15:10:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 10:14
GAFF、OPLS-AA也完全可以

好的,老师,感谢您的解答

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