关于油水混相的coulombtype设置问题

deanvs · 发表于 Post on 2024-3-21 18:31:00

各位老师好，我现在在做添加表面活性剂的油水混相、乳化模型，初始模型是油（十二烷，ATB下载）水、表面活性剂（SDS，从ATB上下的）、醇（戊醇充当助剂，都是从ATB整的）模型和拓扑文件都在附件中（gro文件太大压缩成zip了）

mixmodel.top (361 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

SDSMIX20.zip (344.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) ，然后gmx genion加了0.1mol的NACL,随机分布在盒子里，然后能量最小化，跑1ns的平衡相、20ns的产生相。三个mdp的模板都是使用sob老师在培训课给的模板，我贴在下面了，但是我在模拟平衡相和产生相的时候（mdp文件见附件中未修改的eq和prod的mdp）

eq（未修改的）.mdp (788 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

prod（未修改的）.mdp (690 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8) ，就会产生以下报错

我一开始以为是模型优化的问题，所以我把em.mdp中的优化步骤加到了50000，但是优化后还是不行，然后我再复习培训班ppt的时候发现，sob老师在纳米液滴模拟1中，说到周期性体系不能无穷远的cutoff那段话，我就把自己的周期性边界的按照ppt的修改了，但是我自己的gmx是2020.03版本的，不具有group的选项，所以我就把cutoff-scheme改成了Verlet，加了nslist=1 rlist=0.9 那行（修改后的mdp文件见附件修改后的

prod（修改后）.mdp (711 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

eq（修改后）.mdp (822 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2) ）结果模型能顺利完成了油水团聚的过程很完美
但是现在有一个问题，改用这个mdp后，模型的计算速度很慢。。。我这个尺寸的模型，一天只能算30ns左右，而之前的mdp模板几个小时就能算完（只要油水不是混相，分层分布的话就不会产生上述问题），我想问问各位老师，有没有什么手段，或者解决上述模板的运行问题，或者提升以下我这个模型的计算速度呢。。。本人是从去年sob老师的gmx培训班才开始的小白，如果有些白痴的问题，各位老师见笑

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 21:21:59

先搞清楚cutoff、Ewald、PME都是什么，北京科音分子动力学与GROMACS培训班的“分子动力学的基本原理与算法”部分详细讲了
如果你要模拟充满盒子的周期性体系，不要用PME以外的。在此前提下，如果遇到什么问题，该怎么解决怎么解决，参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的解决思路和排查方式

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