求助跑中性多酸[Ti2V4O5(OMe)14]，gromacs能量最小化后heat过程报错

Are · 发表于 Post on 2024-3-22 20:29:25

本人在跑中性多酸[Ti2V4O5(OMe)14]分子动力学的时候，先进行能量最小化，再进行heat，但是并未正常结束，log信息如下：

Fatal error:
Step 67700: The total potential energy is -nan, which is not finite. The LJ
and electrostatic contributions to the energy are -nan and -nan, respectively.
A non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.
这是我的top和gro

1.gro (3.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

1.top (90.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

请问大家出现报错的原因以及如何解决，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-22 20:39:53

先确保能量极小化结果正常
如果heat动力学过程之前都正常，减小步长上限再试

Are · 发表于 Post on 2024-4-2 20:37:56

本帖最后由 Are 于 2024-4-2 20:58 编辑

sobereva 发表于 2024-3-22 20:39
先确保能量极小化结果正常
如果heat动力学过程之前都正常，减小步长上限再试

感谢老师的回复，老师，我的能量最小化过程是正常的，heat之前只有em过程，步长上限从0.001ns减小到0.0005ns可正常结束，但用拿到的md.gro去跑0.001ns的heat就会失败。
老师，我的本意是通过检查气态过程来找出溶液中该物质动力学报错原因。我的液态动力学过程如下：1：能量最小化；2：heat；3:500ns溶质固定；4:500ns溶质释放；5：500nsNPT过程；6:350nsNVT过程，7:10nsNVT。液态时在第4步溶质释放中输出pdb文件报错，检查pdb发现多酸散架。若使用老师的方法，将原本的0.001ns减小到一半0.005ns仍旧无法解决问题，只有减小到0.0001ns才可以。用0.0001ns生成的gro继续往后跑的话，想增大步长还是不可以。
目前检查了mdp的合理性，重新优化了结构，已经确保mol2文件中正确键连，猜测是top文件的问题，已经确保了sobtop生成top文件的步骤正确，chg文件用Multiwfn两步生成法，且考虑框架过渡金属和O的等价性生成。本人刚接触动力学，目前实在是找不出问题所在，麻烦老师帮忙指点一下，感谢万分。
附件为我生成的top和前四步的mdp

sol.top (130.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

gas.top (91.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

em.mdp (409 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

md_heat_NVT.mdp (657 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

3-md_NVT.mdp (562 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

4-md_NVT.mdp (588 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) 。百度网盘的内容为fchk文件mol2文件和chg文件链接：https://pan.baidu.com/s/1XVjJr12zNR3C7jc2cI-ZhA 提取码：iche

万分感谢

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