计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16142|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 用Gaussian中的ADMP关键词模拟分子动力学,能否将分子结构可视化

[复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师同学大家好,我用Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟,不知道能否利用ADMP的结果将其分子的轨迹可视化(以动画的形式)?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-11-6 02:30:58 | 只看该作者 Only view this author
gview打开输出文件,file-save movie
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2016-11-6 02:31:03 | 只看该作者 Only view this author
gview打开输出文件,file - save movie
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1295

帖子

0

威望

6280

eV
积分
7575

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2016-11-6 08:58:31 | 只看该作者 Only view this author
咨询一下楼主:Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟
这个是怎么实现的呢?
谢谢指点
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

strive for greatness

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 10:39:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 02:31
gview打开输出文件,file - save movie

谢谢sob老师。

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 10:45:25 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2016-11-6 08:58
咨询一下楼主:Gaussian中的关键词ADMP进行了分子动力学模拟
这个是怎么实现的呢?
谢谢指点

原理吗?
属于分子动力学的Lagrangian方法,使用Gaussian基函数和密度矩阵传播分子动力学模型。其作用与BOMP是等价的,手册上说更省时。
我也是初次接触,若有不对还望多多指教。

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 16:30:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 02:31
gview打开输出文件,file - save movie

老师,您好,我按您说的处理只能得到各个时间点的对应结构的图像,不能以mv的形式展示出来,这事怎么回事?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-11-6 20:59:59 | 只看该作者 Only view this author
0916 发表于 2016-11-6 16:30
老师,您好,我按您说的处理只能得到各个时间点的对应结构的图像,不能以mv的形式展示出来,这事怎么回事 ...

什么叫movie形式展现出来?得到的gif动画本身就是movie的一种
如果你要在动画上加上诸如当前时间,你得自己用第三方视频编辑程序去搞
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 22:12:01 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,谢谢老师。用VMD可以搞吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-11-6 23:12:31 | 只看该作者 Only view this author
0916 发表于 2016-11-6 22:12
嗯嗯,谢谢老师。用VMD可以搞吗?

将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

323

eV
积分
377

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-7 00:01:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 23:12
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

嗯嗯,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 02:33 , Processed in 0.190433 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list