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[新手求助] 高斯算ESP电荷,同种原子的电荷不唯一,求助

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根据文献内容,利用高斯软件求算分子的ESP电荷。先用Gaussianview限制分子的对称性为D3h(见下图),然后生成gjf文件进行计算。按理说,分子中的6个Cu应该处于同一种化学环境中,可是结果中的ESP电荷却是三种不同的数值,也就是说得到了3种Cu,请问这是什么原因呢?如何调整参数才能够得到一种Cu的结果呢?谢谢大家!
输入参数:
%nprocshared=24
%mem=8GB
%chk=cubtc-esp.chk
# ub3lyp/gen opt geom=connectivity pop=(chelpg,readradii) pseudo=read scf=dsymm

cubtc-esp

0 3
Cu                 5.47100998    1.20452412   -0.07131768
Cu                -3.83968909   -3.91992337    0.07410634
Cu                 5.41706676   -1.42509924   -0.07046884
Cu                -3.67564365    4.07696241    0.07152496
Cu                -1.37162909    5.34505211    0.03553850
Cu                -1.58961774   -5.28145703    0.03896872

。。。
。。。。
。。。。。

C H O  0
6-31G*
****
Cu 0
LANL2DZ
****

Cu 0
LANL2DZ

Cu 1.32

Cu 1.32


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发表于 Post on 2016-11-6 12:39:42 | 只看该作者 Only view this author
Cu 1.32没必要写两次

要想得到相同的拟合静电势电荷,必须原子的化学环境严格相同(不同的Cu与其它各个原子距离一致),而且电荷分布也一致(若波函数低于几何结构的对称性,此时显然没戏)。而且一般的拟合静电势方法由于格点分布原因,哪怕上两条都满足,等价的原子结果也可能因为数值因素而不同(G09里支持将格点连续化的拟合方法倒是应该没这个问题)。

建议你先看看这些Cu的mulliken电荷是否相同。这都不同的话,CHELPG电荷注定不可能相同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-6 16:12:42 | 只看该作者 Only view this author
Cu半径本来只写了一次,但是优化结果提示,缺少Cu的范德华半径,故此又加了一次半径,然后就可以顺利优化得到结果了。
听从sob老师的建议,查看了mulliken电荷,发现结果分子中的O原子有四种电荷(但我认为O应该只有一种,即一种电荷),而Cu只有一种电荷(Cu有一种,这个没问题)。请问在这种情况下,可以调整参数使得同种原子的ESP电荷保持一致吗?谢谢!

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发表于 Post on 2016-11-6 20:57:47 | 只看该作者 Only view this author
小瓶子 发表于 2016-11-6 16:12
Cu半径本来只写了一次,但是优化结果提示,缺少Cu的范德华半径,故此又加了一次半径,然后就可以顺利优化得 ...

没有那种参数,至多只能取个平均
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-7 10:23:22 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-9 20:00:35 | 只看该作者 Only view this author
还想请问sob老师,在上面那个分子中,对于苯环上连接H的C原子,文献得到的ESP电荷是负值(-0.014),而我计算所得的ESP电荷为正值(0.011),请问老师可能是什么原因呢?谢谢老师啦!

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发表于 Post on 2016-11-9 20:50:27 | 只看该作者 Only view this author
小瓶子 发表于 2016-11-9 20:00
还想请问sob老师,在上面那个分子中,对于苯环上连接H的C原子,文献得到的ESP电荷是负值(-0.014),而我计 ...

拟合静电势电荷用很多不同计算方法,看这里
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
即便是同种拟合静电势电荷计算方法,格点设置不同、静电势计算级别和方法的不同、几何结构的细微不同等等,都会造成数值的不同。你的数值和文献的数值虽然符号不同,但差异很小,都很接近0,所以姑且可当成一样。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-9 21:40:35 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sob老师,我再好好读一下文章,谢谢啦!

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