[Amber] 求助：Amber进行分子动力学模拟时如何限制距离

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发表于 Post on 2024-3-25 20:39:39 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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我想跑一个限制距离的分子动力学模拟，其中原子a不动，原子b限制在原子a的3.5Å范围内，如何用Amber实现呢？我看了Amber关于距离的限制的教程，一方面不太懂Amber这一部分的内在逻辑，理解不了rX,rk2,rk3,offset,width分别是什么意思；另一方面不知道如何用这些参数实现我的诉求。因此向大家求助一下，恳请各位大佬能指点一二，万分感谢！

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