计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 815|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 想要以(0,0,0),半径2埃的球面做静电势着色图,应该如何操作?

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

456

eV
积分
460

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中,静电势着色面为分子的范德华面。如果我想要以(0,0,0),半径2埃的球面做静电势着色图,应该如何操作。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-3-28 00:33:20 | 只看该作者 Only view this author
参考Multiwfn手册2.7节并修改Multiwfn源代码,自定义一个新的user-defined function,令此函数对应中心在原点的二次函数。重新编译Multiwfn后,用主功能5计算这个函数的格点数据,并套用静电势cub文件的格点设置,得到其cub文件。在VMD绘制时,先载入这个cub文件,然后把静电势cub文件载入同一个ID里。用isosurface方式显示自定义的函数,isovalue设成正好令其r=2位置对应的二次函数值,然后coloring method设成volume,并选择静电势对应的那个格点数据。


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 18:23 , Processed in 0.520042 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list