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[综合交流] 如何进行空化气泡的MD模拟

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老师,这篇文章里提到了超声波的MD模拟用气泡随机取代部分水分子来进行,请问怎样才可以实现这种操作?(附文章及提到的方法截图)

模拟方法截图.png (254.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

模拟方法截图.png

Nonequilibrium all-atom molecular dynamics simulation of the bubble.pdf

4.35 MB, 下载次数 Times of downloads: 6

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发表于 Post on 2024-3-28 17:59:21 | 只看该作者 Only view this author
文章说得很清楚了,需要用GROMACS结合作者自己开发的模拟气泡的代码。如果文章和SI里没有这个代码的链接,那么只能给作者发邮件要代码
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 18:01:52 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-9-14 15:42:41 | 只看该作者 Only view this author
楼主,请问拿到气泡空化的code了吗?能否分享一下?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-17 22:43:25 | 只看该作者 Only view this author
hrjiang 发表于 2024-9-14 15:42
楼主,请问拿到气泡空化的code了吗?能否分享一下?谢谢!

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