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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算

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发表于 Post on 2019-4-19 14:08:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 TJNina 于 2019-4-19 14:11 编辑

我仔细阅读了老师您的这篇文章,我现在有些疑问点和求助。疑点一:自旋密度等值面图是自旋密度分析的一种方法,它不是说像自旋布居分析那样,可以基于很多具体算法,比如:Mulliken、NPA等,它做出来应该就是那样的一个图对吗?求助:我看您说的Mulliken 中不能实现基于NPA的自旋布局分析。我想请问您,我想做NPA的自旋布局分析,应该怎么做呢,我现在用高斯在算NPA电荷,是不是输出文件中有自旋布局分析的一些信息呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-19 22:14:14 | 只看该作者 Only view this author
TJNina 发表于 2019-4-19 14:08
我仔细阅读了老师您的这篇文章,我现在有些疑问点和求助。疑点一:自旋密度等值面图是自旋密度分析的一种方 ...


“Mulliken 中不能实现基于NPA的自旋布局分析”问题莫名其妙。Multiwfn里有那么多非常好、非常普适、非常稳健的算自旋布居的方法,诸如Hirshfeld,何必用NPA
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-28 20:47:04 | 只看该作者 Only view this author
老师请问双自由基怎么看自旋密度呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 21:22:17 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2021-12-28 20:47
老师请问双自由基怎么看自旋密度呢?

和本文说的完全一样
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发表于 Post on 2022-7-20 11:16:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,波函数稳定,但自选密度不是处处为零,那还是自旋极化单重态吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-21 11:16:08 | 只看该作者 Only view this author
火星哥 发表于 2022-7-20 11:16
老师,波函数稳定,但自选密度不是处处为零,那还是自旋极化单重态吗?

那叫自旋密度

自旋密度不处处为零不意味着一定是自旋极化单重态,但自旋极化单重态的自旋密度一定不是处处为0
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发表于 Post on 2024-5-31 12:20:25 | 只看该作者 Only view this author
如果想把自旋密度格点数据导出成cube文件(.cub)以便在VMD等第三方可视化程序中显示等值面,选2。我的Multiwfn中输不进2,输入不进去数字,请问这有什么解决办法吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-1 10:23:31 | 只看该作者 Only view this author
ZJ220811014 发表于 2024-5-31 12:20
如果想把自旋密度格点数据导出成cube文件(.cub)以便在VMD等第三方可视化程序中显示等值面,选2。我的Multiw ...

从来没听说过这种问题。远程说不清楚
找个身边比你更懂计算机的人帮你
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发表于 Post on 2024-6-2 21:12:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-1 10:23
从来没听说过这种问题。远程说不清楚
找个身边比你更懂计算机的人帮你

好滴

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发表于 Post on 2025-7-15 16:33:00 | 只看该作者 Only view this author
请问用orca怎么得到自旋密度呢,就是用手册里的这三种方式么?
https://sites.google.com/site/or ... zation-and-printing

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 08:50:14 | 只看该作者 Only view this author
895098540wkw 发表于 2025-7-15 16:33
请问用orca怎么得到自旋密度呢,就是用手册里的这三种方式么?
https://sites.google.com/site/orcainputl ...

Multiwfn载入ORCA的molden文件,照常按本帖的方式计算
molden文件产生方式仔细看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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发表于 Post on 2025-7-17 22:46:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-16 08:50
Multiwfn载入ORCA的molden文件,照常按本帖的方式计算
molden文件产生方式仔细看
详谈Multiwfn支持的输 ...

老师,我仔细看了也成功了,但是当我转换另一个gbw时(triplet和quintet的结构优化结果(使用的r2-scan-3c,正常结束),前面成功的也是quintet的结果,),multiwfn出现如下错误:
( Number of parallel threads:   4  Current date: 2025-07-17  Time: 16:38:05 )

Please wait...
Loading various information of the wavefunction
This file is recognized to be generated by ORCA because there is "orca" word in title line. Special treatments are applied...
Loading basis set definition...
All D basis functions are spherical harmonic type
Loading orbitals...
The actual number of Alpha/Beta orbitals read:       738  /       738
Converting basis function information to GTF information...
Back converting basis function information from Cartesian to spherical type...
Generating density matrix...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
Multiwfn           00000000020595F3  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F9304E3EBF0  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           000000000054DC2D  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000007524C6  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000006FE823  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           000000000082E569  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000431822  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F9304E295D0  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F9304E29680  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000431729  Unknown

然后看到有说用orca_mkl jobname -emolden可能能解决,但还是出现问题,请问要怎么解决呢,是否是因为转换成molden的文件有问题,但确实已经在另一个数据成功了。是否需要尝试转换成chk文件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-18 06:13:29 | 只看该作者 Only view this author
895098540wkw 发表于 2025-7-17 22:46
老师,我仔细看了也成功了,但是当我转换另一个gbw时(triplet和quintet的结构优化结果(使用的r2-scan-3 ...

orca_2mkl根本不存在-emolden选项。跟chk没半毛关系

先确保按严格下文正确安装了Multiwfn
Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html
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