Ca修饰石墨烯二维材料计算氢气分子吸附问题

traum525

我建立了Ca修饰石墨烯二维材料，c晶格常数20A的模型，想做氢气分子吸附，流程是这样的
1优化Mg修饰下石墨烯体系结构
2扔进了两个氢原子，距离0.7A，做分子动力学分析
但是分析的时候发现，两个氢原子分开了，而且向上飞去，并没有被吸附，这正常吗。之前做一个氢原子的时候很快就被吸附了。





&CONTROL
    calculation = "md"
    dt          =  2.06707e+01
    max_seconds =  6.04800e+05
    nstep       = 5000
    pseudo_dir  = "/home/heiko/.burai/.pseudopot"
/

&SYSTEM
    a           =  7.52000e+00
    b           =  9.04000e+00
    c           =  2.00000e+01
    degauss     =  1.00000e-02
    ecutrho     =  5.23088e+02
    ecutwfc     =  5.81209e+01
    ibrav       = 0
    nat         = 27
    ntyp        = 5
    occupations = "smearing"
    smearing    = "gaussian"
/

&ELECTRONS
    conv_thr         =  1.00000e-08
    electron_maxstep = 200
    mixing_beta      =  7.00000e-01
    startingpot      = "atomic"
    startingwfc      = "atomic+random"
/

&IONS
    ion_dynamics    = "verlet"
    ion_temperature = "rescaling"
    tempw           =  3.00000e+02
/

&CELL
    cell_dofree   = "2Dxy"
    cell_dynamics = "pr"
    press         =  0.00000e+00
/

K_POINTS {automatic}
3  3  1  0 0 0

CELL_PARAMETERS {angstrom}
  7.483260  -0.000049   0.000000
-0.000050   9.151489   0.000000
  0.000000   0.000000  20.000000

ATOMIC_SPECIES
C      12.01070  C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
B      10.81100  B.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
N      14.00674  N.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
Mg     24.30500  Mg.pbe-spnl-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
H       1.00794  H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF

ATOMIC_POSITIONS {angstrom}
C      -0.000851   1.639219  10.038067
C      -0.000977   3.136403  10.025868
C       1.154396   0.807525  10.031207
C       2.548858   3.943006  10.032363
C       2.590863   0.739760  10.042800
C       1.132416   3.971821  10.011416
C      -0.001249   6.260670   9.972672
C      -0.001268   7.687732   9.983489
C       1.151234   5.464928   9.983186
C       2.571876   8.414823  10.012694
C       2.579830   5.409547   9.996937
C       1.143377   8.477191  10.002919
C       3.740303   1.528910  10.077992
B       3.739830   3.053398  10.046261
C       4.890287   0.739623  10.043377
C       6.349016   3.971593  10.011814
C       6.326643   0.807226  10.031674
C       4.931839   3.942681  10.033292
N       3.740529   6.182071   9.990538
C       3.740555   7.622357  10.003593
C       4.901179   5.409183   9.996089
C       6.337457   8.477190  10.002838
C       6.329875   5.464429   9.983003
C       4.908669   8.414710  10.012491
Mg      3.783498   2.779892  12.487508
H       2.500000   2.770000  12.000000
H       2.500000   2.070000  12.000000

sobereva

先做结构优化，看是否能优化出合理的结构
如果能，可能是相互作用本来就很弱（氢气分子色散作用非常弱）而温度又不是很低，这样动力学过程中H2自然而然就自发跑掉了

traum525

sobereva 发表于 2024-3-30 16:30
先做结构优化，看是否能优化出合理的结构
如果能，可能是相互作用本来就很弱（氢气分子色散作用非常弱）而 ...

能给点建议吗  我附上代码了