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[综合交流] 计算三体系统势能的软件

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想要计算三体系统分子间的势能,最好的选择是哪一个软件呢?
和计算二体势能时有没有区别,有哪些注意的问题吗?
非常感谢大家

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发表于 Post on 2024-3-31 14:55:41 | 只看该作者 Only view this author
举个具体例子,让别人明确理解你说的“三体系统势能”具体指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-3-31 18:23:59 | 只看该作者 Only view this author
计算需要的软件基本上和二体还是三体无关,完全取决于其他因素,例如需要的精度,分子大小,分子间是否成键,等等
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-1 11:29:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想要计算三个分子(例如三个水分子)之间相互作用的势能
此时还要像之前二体相互作用计算需要BSSE校正吗?
推荐的软件以及基组泛函是什么呢(一个计算任务计算三个分子间的势能,需要执行10^6-10^7个这样的任务)?
谢谢各位老师

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发表于 Post on 2024-4-2 10:48:23 | 只看该作者 Only view this author
可以用分子对接软件autodock vina对三个分子先优化得到几个较好的复合物i结构,再用groma跑分子模拟。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-2 14:54:09 | 只看该作者 Only view this author
谢谢各位老师

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发表于 Post on 2024-4-3 18:54:29 | 只看该作者 Only view this author
harper 发表于 2024-4-1 11:29
各位老师好,想要计算三个分子(例如三个水分子)之间相互作用的势能
此时还要像之前二体相互作用计算需要 ...

跟计算二聚体没关系
这种问题适合Gaussian等主流量化程序计算

“需要执行10^6-10^7个这样的任务” 不知道你是要做什么,如果是构造势函数因此要计算大量的能量,对于水三聚体来说,兼顾耗时和精度,可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
如果只是要算三聚体最稳定结构下的相互作用能,一般都需要做三聚体构型搜索,molclus是非常适合的工具(不适合用autodock之类分子对接程序),看:
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

是否需要考虑BSSE,仔细看
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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