水中的吸附能如何计算？

科研好难 · 发表于 Post on 2024-4-3 13:06:35

各位老师好，我计算一个催化反应在水中的降解机理，我在真空状态下优化得到的吸附构型上加入了显示水溶剂以模拟真实的实验情况（图1），我想请问一下此时的吸附能如何计算呢，是E(ads)=E（总）-E（有机物）-E（催化剂）-nE（水）吗？

晓声寒月 · 发表于 Post on 2024-4-3 16:09:45

想借楼追问一下，针对必须加显式水的体系，水分子应该如何合理的加入，因为摆放位置和朝向等可能都会改变水分子与吸附质分子的相互作用，请有经验的老师指教

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 17:32:08

晓声寒月发表于 2024-4-3 16:09
想借楼追问一下，针对必须加显式水的体系，水分子应该如何合理的加入，因为摆放位置和朝向等可能都会改变水 ...

对于此类体系，原理上来说需要跑动力学，每隔一定帧数算一次，取时间平均

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 17:34:51

E(ads)=E（总）-E（有机物）-E（催化剂）-nE（水）没有意义，这样会把水分子间、水与被吸附分子间的相互作用能也给算进去，显然不是吸附能
当前情况不建议用显式水，考虑起来太麻烦。用CP2K的SCCS隐式溶剂模型就够了，虽然原理上不如显式水模型，但用显式水模型时容易由于采样考虑不周问题造成的误差明显更大

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[CP2K] 水中的吸附能如何计算？

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