蛋白配体复合物动力学模拟结果，配体rmsd需要收敛吗？

CHJ2841666311

各位老师好，我用gromacs进行蛋白配体复合物的动力学模拟，结果分析得到的配体的rmsd结果并不收敛（如ligand.png所示，是在去除轨迹和纠正周期性之后，使用gmx rms -s md.tpr -f md_center.xtc -o rmsd.xvg -tu ns命令，两次均选择配体得到的结果），蛋白质backbone已经收敛（如图backbone.png），我提取了配体rmsd波动较大时刻（14ns和19ns）的蛋白配体复合物结构进行对比，用pymol align之后，发现配体未出现脱落，对接姿势也没有太大的波动，只是整体移动了一点距离，未脱离空腔。我查看了文献，有的文献中，配体的rmsd是没能收敛的。我的疑问是，蛋白配体复合物的模拟，需要配体的rmsd收敛吗？还是只要配体不脱离结合区域，不收敛也没有关系？具体有什么常规性的要求呢？

Seyilaxa

大多数配体本身也是柔性的，有0.0几nm的波动是正常的。一般也不会从配体的RMSD来判断体系是否到达平衡

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Seyilaxa 发表于 2024-4-6 22:20
大多数配体本身也是柔性的，有0.0几nm的波动是正常的。一般也不会从配体的RMSD来判断体系是否到达平衡

好的，谢谢老师的回复。